Командование, увы, оказалось для Фридриха непосильной задачей. Боевые операции австро-венгерской армии планировал Конрад фон Гетцендорф, главнокомандующий же ограничивался представительскими функциями и инспекционными поездками по фронтам. Эрцгерцог отличался мягкостью и стеснительностью — качества, не самые подходящие для полководца. Тем не менее в политике он был ярым консерватором и сторонником установления военной диктатуры — по крайней время на время боевых действий. Вместе с Конрадом главнокомандующий стал душой «военной партии», которая в 1914—1916 гг. добивалась принятия чрезвычайных мер в тылу и постепенного перехода реальной власти в стране от гражданских к военным структурам.
Особую неприязнь у эрцгерцога вызывали славянские подданные императора, в первую очередь чехи, которых он чуть ли не поголовно считал подрывными элементами и тайными агентами Антанты. Фридрих бомбардировал императора просьбами о том, чтобы тот приказал «подчинить судебную власть в Богемии, Моравии и Силезии армейскому командованию, завести военно-полевые суды..., передать полномочия гражданских органов управления в вышеозначенных землях военным чинам», поскольку, по его убеждению, «лояльность и готовность чешского населения к патриотическому самопожертвованию... в нынешние тяжелые времена представляется недостаточной... Ширятся русофильские настроения». Меморандум, направленный эрцгерцогом Фридрихом Францу Иосифу 4 декабря 1914 г., заканчивался просьбой «назначить наместником [Чешского] королевства высокопоставленного генерала, предоставив ему чрезвычайные полномочия». Настойчивые просьбы эрцгерцога не (оставались без ответа, что в конечном итоге способствовало дальнейшему отчуждению чехов и других славянских народов монархии и росту национально-освободительного движения.
После вступления на престол императора Карла звезда Фридриха быстро закатилась: молодой монарх принял на себя верховное командование, поначалу, правда, оставив родственника в должности своего полномочного представителя. В феврале 1917 г. эрцгерцога окончательно отодвинули от военных дел (на которые он, впрочем, и до этого не оказывал реального влияния). Пассивность Фридриха на посту главнокомандующего стала дополнительным фактором, способствовавшим окончательному подчинению австро-венгерской армии германскому командованию и его военным планам. После падения монархии эрцгерцог Фридрих перебрался в свои венгерские поместья и в 1919—1921 гг. предпринял несколько несмелых попыток выдвинуть кандидатуру своего единственного сына Альбрехта на трон Венгрии. Сделать это не удалось, но бывший главнокомандующий не особенно горевал: в мире и благополучии он прожил остаток своих дней как частное лицо и умер в Венгрии в предпоследний день 1936 года в возрасте 80 лет.