К этому выводу его, возможно, привели внешнеполитические неудачи, истолкованные как немилость Атона за компромисс со старыми культами: в 1350-е гг. до н. э. старый союзник Египта Митанни, столкнувшись с пренебрежительным отношением Эхнатона, неожиданно выступает против него и захватывает значительные территории египетских владений в Южной Сирии. Ок. 1356 г. до н. э. эти территории у Митанни захватывает уже Суппилулиума, правитель малоазиатского Хеттского царства; таким образом, соседом Египта в Азии становится новая и очень агрессивная держава. На сторону хеттов переходят некоторые египетские вассалы. Жертвами усобиц, к которым Эхнатон относился равнодушно, становятся многие азиатские князья, еще признававшие свою зависимость от Египта.
Разрыв с традиционными египетскими культами был далеко не столь полным и всеобщим, как этого хотелось Эхнатону. Хотя имена старых богов были преданы полному забвению в его столице, посвященные им памятники встречаются и после 1353 г. до н. э. даже в таком крупном центре, как Мемфис, и тем более в мелких городах, до которых не доходили руки центральной власти. Запрет почитать старых богов был непонятен простым египтянам, привыкшим видеть в них залог стабильности страны, и должен был вызвать протест у значительной части элиты. Поэтому после смерти не оставившего сыновей Эхнатона уже его зять и преемник Семнехкара (1348–47 гг. до н. э.) восстановил через некоторое время культы Амона и других старых богов; а при следующем царе, другом зяте Эхнатона, Тутанхатоне («Живой образ Атона»; 1347–1338 гг. до н. э.), царский двор покинул Ахетатон и почитание Атона прекратилось. Старым богам было возвращено их прежнее положение. Царь переименовал себя в Тутанхамона («Живой образ Амона»), а его жена, дочь Эхнатона, стала зваться Анхесенпаамон («Живет она для Амона»).
Тутанхамон воцарился лет девяти от роду: формальностью был даже его брак с дочерью Эхнатона и тем более его участие в государственных делах. Реальными правителями Египта при нем были прежний верховный жрец Атона Эйе и главный военачальник Эхнатона Хоремхеб. Они оставили в силе те элементы его преобразований, которые реально укрепляли египетское государство. Чтобы прежнее влияние жречества Амона-Ра не было восстановлено, столица Египта переносится из Ахетатона не в Фивы, а в Мемфис. Сохранили свое положение при дворе выдвинувшиеся при Эхнатоне незнатные служилые люди.
Тутанхамон умер, едва достигнув двадцати лет, ок. 1338 г. до н. э. Его вдова Анхесенпаамон, брак с которой стал теперь самым верным путем к престолу, попыталась сохранить за собой реальное политическое влияние, предложив хеттскому царю Суппилулиуме I женить на ней одного из своих сыновей. Хеттский царевич Цаннанца действительно отправился в Египет, но был убит египетской знатью, а Анхесенпаамон пришлось вступить в брак с Эйе, тем самым ставшим последним царем XVIII династии (1338–1334 гг. до н. э.). Несмотря на свое прошлое верховного жреца Атона, Эйе постарался приписать и себе долю участия в свертывании амарнских религиозных преобразований, заявив в одной из надписей: «Я уничтожил зло. Теперь каждый может молиться своему богу». Суппилулиума, однако, в ответ на убийство Цаннанцы двинулся против египтян и полностью изгнал их из Азии. Война с хеттами выдвинула на первый план командующего египетской армией Хоремхеба, сместившего Эйе и ставшего следующим царем (1334–1306 гг. до н. э.).