Сады были относительно невелики (Верхний Красный чуть больше 0,2 гектара, Нижний и того меньше), однако устроили их необычно — на сводах каменных палат и погребов, составляющих как бы первый этаж каждого сада. Все обнесли каменной оградой с частыми окнами, забранными коваными решетками от лихих людей.
Землю для Набережных садов привозили из замоскворецких берсеневских дворов (где теперь пролегла Берсеневская набережная и находится Театр эстрады), смешивали с хорошо унавоженной грязью московских булыжных и торцовых мостовых и насыпали, предварительно просеяв, слоем около 90 сантиметров толщиной.
Для посадок подготавливали гряды, края которых обкладывали досками. Некоторые деревья, например грецкий орех, росли в отдельных ящиках и «струбах» (срубах). На зиму часть посадок укрывали от морозов рогожами и войлоком, летом защищали сетями от птиц.
В 1680 году царь Федор Алексеевич построил Новый Нерхний сад с деревянными стенами, в которых было прорублено множество окон, и, видимо, с крышей, которую поддерживали»100 столпов круглых да 100 каптелей». При саде также были поставлены палаты с печами. Получилось что-то вроде прообраза будущих оранжерей.
В Верхнем саду для отдохновения гуляющих строители возвели терема и чердаки (беседки), в Нижнем круглую башню без шатра и четыре палаты, стены которых украшала живопись иноземца Петра Энглеса. Год спустя в Нижнем саду устроили пруд, лоток для которого был вымощен свинцовыми плитами, а вода подавалась по свинцовым трубам из Водовзводной Пашни Кремля, что стоит и сейчас на том месте, где Нсглинка (она теперь в подземном коллекторе) сливалась с Москвой-рекой. Пруд был достаточно велик, но нему плавали лодки. Можно предположить, что плавал там и совсем юный Петр I до того, как организовал свою первую потешную лодочную флотилию на прудах в Преображенском и Измайлове.
Что же росло в кремлевских садах? Ассортимент растений можно восстановить довольно полно, поскольку сохранились описи многих посадок, а также акты своего рода ревизий, которые проводились после пожаров, случившихся в Кремле. Основу садов составляли плодовые деревья: отборные яблони, груши сарские (царские), волоские (волошские, или венгерские), груши-дули, сливы, грецкие орехи. Из ягодных кустарников — красная и черная смородина, крыжовник, «байпарис» (барбарис), малина. Имелся также виноград, который регулярно, хотя и не очень обильно, плодоносил. На грядах выращивали морковь, анис, горох, бобы, огурцы, тыквы. Из декоративных культур в Набережных садах традиционными были гвоздики и розы, к которым уже в XVIII веке прибавились многие посланцы европейских цветников — тюльпаны, нарциссы, лилии, мальвы, рябчики, фиалки и др. Особняком росли лекарственные травы для дворцовой аптеки — шалфей, рута, тимьян, базилик, майоран.