Система управления этим сложным процессом создавалась постепенно. Первые две группы: одна — во главе с Борисом Евдокимовичем Щербиной и вторая — во главе с Иваном Степановичем Силаевым — были заняты исключительно решением самых неотложных и оперативных вопросов. Появление на площадке товарища Воронина привело к тому, что начал обрисовываться облик организации всех работ. Уже возник порядок заказа тех или иных материалов, последовательность выполнения тех или иных заданий и поручений. Стало ясно, что одна группа исследователей занималась территорией, другая — самим 4-м блоком, третья группа, уже не исследователей, а исполнителей (главным образом, это были воинские части) приступила к дезактивации помещений 1-го и 2-го блоков, и началась подготовка к фронту строительных работ по сооружению «саркофага», потому что в это время в Москве шли проектные работы.
Товарища Воронина сменил Юрий Никитич Маслюков, и во время его пребывания начались очень активные работы по сооружению новых помещений и поселков для эвакуированных людей, приступили к обработке дорог и подготовке фронта работ перед четвертым блоком для сооружения «саркофага». Сам «саркофаг» еще не сооружался, но подступы к нему уже бетонировались, наиболее загрязненные участки на площадке — либо удалялись, либо бетонировались, для того чтобы строители могли начинать работу по сооружению «саркофага».
Когда на площадке появился товарищ Гусев со своей командой, основные проектные решения уже прорисовывались: было принято решение о том, чтобы строительство саркофага поручить СУ 605, организации Министерства среднего машиностроения, и что нужно провести тщательную разведку внутреннего состояния 4-го блока, убедиться в надежности сохранившихся его конструкций, для того чтобы проект мог опираться на какие-то экспериментальные и проверенные данные.
Когда на площадке появился товарищ Ведерников со своей командой, сменивший Гусева, в это время уже началось сооружение «саркофага». Причем, именно при товарище Ведерникове при участии руководителя группы Института атомной энергии, товарища Тутинова, было принято решение, облегчающее ход и увеличившее темп строительства «саркофага», потому что первоначально по проекту над развалинами предполагалось возводить полностью бетонный купол, но расчетные оценки показали, что время на сооружение «саркофага» может быть существенно сокращено, если бетонный купол, надежность которого ставилась под сомнение (выдержит ли его конструкция), будет заменен, так называемым, трубным накатом. Такая система труб, идущая до крыши, которая закрывала бы саркофаг от возможности пылеуноса радиоактивности, конечно, пропускала бы какое-то количество излучения через это верхнее покрытие саркофага, но оно было бы сравнимым и даже меньшим, чем суммарная активность от всего того, что находилось на площадке. В период работы товарища Ведерникова было принято правильное решение. И так последовательно вырисовывалась структура организации работ.