Александровское подворье представляет собой сложный архитектурный комплекс. Его основой является здание базиликального типа (высота 10 метров, длина 22 метра), половину которого ныне занимает храм во имя святого благоверного князя Александра Невского (освящен 22 мая 1896 г., в память об императоре Александре III, основателе ИППО). Другую половину составляет археологическая зона с Порогом Судных Врат.
Направляя 20 июня 1887 г. послу в Константинополе А. И. Нелидову планы и чертежи проектировавшегося здания на месте Русских раскопок, Смышляев сформулировал основные соображения по его архитектуре и функциональному назначению. В угловой части, на углу улиц Святогробской (Даббага) и Базарной (Хан Эс-Зейт), предполагалось устроить несколько комнат для отдыха паломников после ночной службы у Гроба Господня. Весь остальной объем здания имел целью «предохранить остатки древних построек, обнаруженных раскопками и имеющих, по общему отзыву русских и иностранных исследователей, высокое научное значение, от влияния воздушных перемен, дальнейшего разрушения и засорения». Эта часть постройки, по мысли Смышляева, «есть не что иное, как реставрация уцелевших архитектурных остатков, частью полуразрушенных, частью утративших от времени необходимую устойчивость. Реставрация эта рассчитана так, что не преграждает возможности дальнейших изысканий, если бы они потребовались». Со временем эта часть постройки могла быть использована для размещения Музея палестинских древностей, о котором мечтал Смышляев[117].
Вставали перед Уполномоченным и новые вопросы. Предлагался для покупки участок в Назарете (под строительство здания учительской семинарии), в Бет-Джале архимандрит Антонин передал Обществу основанную им школу вместе с домом и прилежащим участком, и нужно было решать вопрос, за кем остается хозяйственная часть – содержание виноградников и самих построек.
В Иерихоне Обществу был подарен участок земли иеромонахом Иоасафом (Плехановым), где Совет ППО предписал Смышляеву «при первой возможности приступить к научным раскопкам», на что было выделено 1 500 рублей. Найденные при раскопках вещи рекомендовалось: «громоздкие оставить на месте находки, мелкие – перевезти в Иерусалим и поставить в особое помещение (начало нашего будущего Иерусалимского музея)». По мере раскопок предполагалась фотофиксация и подробное описание найденных предметов[118].
Приходится удивляться, как глубоко и профессионально этот человек, уже тридцать лет как оставивший свои торговые дела и занимавшийся преимущественно наукой и литературой, входил в финансовые, юридические, инженерные, архитектурные и даже научные подробности, не боясь смелых решений и уверенно взваливая на себя ответственность за русское дело в Святой Земле. Вот, к примеру, выдержки из очередного доклада Совету Общества, который представил Смышляев в свой приезд в Петербург 7 января 1888 г.