Градоначальник Петербурга Ф.Ф. Трепов лично составил «Положение об Охранной страже» и инструкцию для ее чинов. В разработанном к середине мая 1866 года проекте инструкции с бюрократической дотошностью в тридцати параграфах регламентировался порядок несения охранной службы, правила поведения стражников при организации наружного наблюдения. В инструкции определялась даже форма примерных ответов на вопросы об императорской фамилии вплоть до «особо вежливого, но непреклонного отношения к дамам при их желании приблизиться к императору». В этом документе указывалось, что охранная стража «пребывает постоянно там, где изволит присутствовать государь император или члены императорской фамилии». Так, «в садах, где августейшие особы изволят прогуливаться», стражники обязаны заблаговременно осматривать «аллеи и места, по которым обыкновенно прогулка бывает» и «обращать внимание на то, не скрывается ли кто-нибудь в клумбах, кустах или за деревьями и постройками». «При отсутствии публики» полагалось «держаться на значительном расстоянии, дабы не обращать на себя внимание», а в случае «появления публики» необходимо задержать лиц, которые, «пробираясь сквозь толпу, стараются приблизиться к высочайшим особам с подозрительными намерениями», а также «лиц, заметно переодетых в платье крестьянское или другое, несообразное с их наружностью и, очевидно, одетое с какой-нибудь предубедительной целью». В мае 1866 года всем сотрудникам охранной стражи выдали пронумерованные служебные удостоверения, напечатанные на бумаге с водяными знаками, в которых указывалось, что «предъявитель сего состоит при III Отделении». Сотрудники правительственной спецслужбы охраняли царя в статском платье, на которое выделялись специальные средства, и лишь «в особых случаях» малая часть охраны могла быть «наряжена» в форменную одежду. В инструкции подчеркивалось, что стражники «должны держать себя так, чтобы на них не было обращено внимание общества». Они не должны никому сообщать о своих обязанностях, «когда им необходимо содействие наружной полиции, они предъявляют только свои особые билеты, которые отнюдь не передают никому под страхом самой строгой ответственности».
Особое значение при охране персоны Александра II в Зимнем дворце, Царском Селе, в поездках по стране, а также на отдыхе в Ливадии играл так называемый собственный его императорского величества конвой (далее в тексте СЕИВК), воинское подразделение в составе двух эскадронов (в эскадроне 100–120 человек). У кабинета государя стояли всего лишь унтер-офицер и два казака. И только во время приемов и балов в охрану царя назначались из конвоя «для снятия пальто» семь нижних чинов. Одно время командовал конвоем флигель-адъютант полковник Петр Романович Багратион, а в 1858–1864 годах – генерал-лейтенант Дмитрий Иванович Скобелев, отец Белого генерала Михаила Дмитриевича Скобелева.