В сентябре 1946 года летчикам Н. К. Федорову и С. Г. Петухову удалось поднять в воздух самолеты № 3810105 и № 3810109 и выполнить на них по три полета. Это вселило уверенность в возможности их демонстрации над Красной площадью во время парада 7 ноября. Однако плохая погода внесла свои коррективы.
К 30 октября удалось, наконец, сдать ВВС все восемь машин опытной серии, которые и решили продемонстрировать во время праздника, поручив это летчикам 176-го иап, дислоцировавшегося на подмосковном аэродроме Теплый Стан.
Изучение материальной части началось 13 сентября, при этом в качестве инструкторов привлекли летчиков-испытателей И.Т Иващенко и А. Н. Чернобурова, инженеров В. П. Ковалевского и В. Н. Сорокина. Освоение летной программы из-за отсутствия И-250 началось на истребителе Ла-7 и его двухместном варианте УТИ Ла-7.
В начале октября военные летчики начали летать на И-250 и закончили тренировки 29-го числа, выполнив по 56 полетов. Однако воздушный парад так и не состоялся из-за плохой погоды. Но зато сохранились далеко не радужные отзывы строевых пилотов о машине, которая, по их единодушному мнению, на роль перехватчика не годилась. Недостатков выявили столько, что их лучше не перечислять, о чем главком ВВС К. А. Вершинин уведомил 15 ноября министра М. В. Хруничева. Но точку в «биографии» машины пока не поставили, и МАП приступил к устранению выявленных дефектов. Хотя уже тогда военные пришли к выводу, что самолет не имеет перспективы и следует ориентироваться на МиГ-9 и Як-15. Первый из них предлагалось доводить как боевой, а второй — как переходный.
Несмотря на то что И-250 был признан потерявшим актуальность, работы по нему все же продолжались. В соответствии с распоряжением П. В. Дементьева № Н-33/5699 от 4 декабря 1946 года два И-250 начали готовить к проведению госиспытаний. Тогда же было дано указание о консервации на заводе № 381 до особого распоряжения оснастки и производственного задела, а также техдокументации.
Слабым местом самолета по-прежнему оставалась силовая установка Э-30-20, которая выдержала государственные испытания лишь в мае 1947 года. После чего была попытка заинтересовать самолетом командование авиации ВМФ, и 19 сентября машину (заводской № 3810102) предъявили на госиспытания в НИИ-15 ВМФ, находившийся на аэродроме Скульте под Ригой. При этом на самолете увеличили объем фюзеляжного бака и, установив дополнительные крыльевые баки, довели общий запас топлива до 798 литров. Поскольку существенно возрастала продолжительность полета, то увеличили и запас масла, доведя его до 78,5 литра. В итоге взлетный вес машины достиг 3931 кг.