Полеты на Me-262 показали, что при большой посадочной скорости носовая опора в момент касания с взлетно-посадочной полосой испытывает большие знакопеременные нагрузки, направленные перпендикулярно оси амортизатора и вызывавшие значительные напряжения в конструкции носовой части фюзеляжа. Для исключения этого «эффекта» на самолете применили предварительную раскрутку носового колеса набегающим потоком воздуха с помощью лопаток, расположенных на колесе.
При дросселировании двигателей самолет очень медленно гасил скорость, и из-за большого диапазона полетных скоростей приходилось часто менять угол установки стабилизатора. И еще один негативный момент самолета — затрудненный уход на второй круг. В этом случае из-за слабой приемистости двигателей согласно инструкции летчику следовало медленно перевести рычаги управления двигателями на режим максимальной тяги. В то же время летчики отмечали, что по технике пилотирования, включая взлет и посадку, Me-262 был близок к обычным самолетам с шасси с носовой опорой.
Тем не менее в заключении акта ГК НИИ ВВС по результатам государственных испытаний машины, в частности, отмечалось: «Трофейный самолет «Мессершмитт» Me-262 с двумя газотурбинными реактивными двигателями является доведенным реактивным самолетом и, как показали испытания его в ГК НИИ ВВС Красной Армии, обладает большим преимуществом в максимальной горизонтальной скорости перед современными и иностранными истребителями с ВМГ и имеет удовлетворительную скороподъемность и дальность полета.
Плохие взлетные свойства самолета с газотурбинными реактивными двигателями требуют больших взлетных полос, длиной до 3 км, или применения специальных ускорителей взлета (пороховых или жидкостных ракет).
Ходатайствовать перед СНК Союза ССР о постройке серии самолетов Me-262 без всяких изменений в одноместном и двухместном вариантах, с целью быстрейшей подготовки летного состава строевых частей ВВС Красной Армии и исследования вопросов аэродинамики, связанных с большими скоростями полета».
После завершения государственных испытаний самолет передали во 2-е Управление НИИ ВВС, занимавшееся испытаниями силовых установок, масел и топлива для них. Там он эксплуатировался около года. Последний полет «мессершмитта» состоялся 17 сентября 1946 года. В тот день самолет потерпел катастрофу, унеся жизнь летчика-испытателя Федора Федоровича Демиды, командира опытной эскадрильи 2-го Управления института.
Причиной трагедии стал отказ двигателя на низкой высоте, что привело к быстрому увеличению крена самолета, он задел землю крылом и полностью разрушился.