Разгром городского бюджета накладывался на инициированную ЮКОСом волну необоснованных увольнений с рабочих мест без какого-либо выходного пособия. Мэр, к которому нефтеюганцы потянулись со своими проблемами, решительно встал на сторону горожан.
Но и общественность не стала стоять в стороне. Был образован независимый профсоюз "Нефтеюганская солидарность". В апреле 1998 года в Нефтеюганске прошел первый митинг с требованием к ЮКОСу погасить долги перед городским бюджетом. "Отдайте городу долги, чтобы он мог с нами расплатиться!", — гласил основной лозунг митингующих.
Один из заместителей мэра Петухова позднее отмечал на суде, что, когда конфликт уже был в полном разгаре, Дубов прямо предложил городу списать долги ЮКОСа. И даже указал схемы, как это можно сделать. За это было обещано придерживаться прежней схемы налоговых отчислений: 70 % к 30 %. Петухов, разумеется, предпочел отказаться.
Вместо того, чтобы погасить долг перед городским бюджетом, ЮКОС не оставлял попыток подкупить Петухова. Мэр рассказывал своей супруге, что начальник отдела ЮКОСа по взаимодействию с регионами Юрий Копанев предлагал ему взятку. "Копанев зашел в кабинет мэра с дипломатом, открыв который, сказал: "Это велено передать вам!". Дипломат был набит пачками американских долларов. "Закрой это и уходи отсюда!" — сказал Копаневу Петухов", — рассказывала жена Петухова Фарида Исламова на суде[20].
В конце мая 1998 года состоялся еще более крупный митинг под лозунгами: "Долой "ЮКСИ" со святой Руси!", "Зарплату учителя — Ходорковскому!", "Москва, не руби сук, на котором сидишь!". На митинге выступил и Петухов, который назвал руководство ЮКОСа преступной группировкой, наживающейся на реализации нефти. Был создан стачечный комитет, который угрожал остановить с 3 июня добычу нефти объединением "Юганскнефтегаз".
В следующей акции протеста 2 июня приняла участие четверть населения Нефтеюганска — около 25 тысяч человек. Митинг вылился в блокирование кабинета председателя совета директоров "Юганскнефтегаза" Сергея Муравленко. Его не выпускали с рабочего места почти двое суток пока ЮКОС не перевел 25 миллионов рублей в счет погашения задолженности. Столь серьезные волнения вынудили прилететь в Нефтеюганск самого Ходорковского. На встрече с жителями он цинично призвал их "молиться на мировой рынок, который регулирует цены на нефть".
Пытаясь поставить на место строптивого мэра, ЮКОС реализовал хитроумную и незаконную схему, начав перечислять средства на зарплату бюджетникам непосредственно на счета организаций, минуя городской бюджет. Таким абсурдным методом Ходорковский "наказывал" Петухова, которого считал организатором протестных акций. Местное отделение Менатепа вскоре выплатило бюджетникам города на зарплаты около 30 миллионов рублей через специально созданный бюджетный комитет.