Яфетические исследования на их первом этапе нельзя оценить однозначно. Их положительной стороной стало изучение языков Закавказья, действительно родственных грузинскому: лазского, мегрельского, сванского, а также грузинских диалектов; здесь вклад в науку внесли и сам Марр, и его ученики. Но, как писал его ученик В. И. Абаев (см. очерк «Человек-столетие»), «выискивание яфетических элементов во всех языках обращается у Марра в своеобразную манию». В число яфетических академик стал включать все, что, по его собственному выражению, «плохо лежит»: баскский язык, совершенно не похожий на окружающие его языки Европы, нерасшифрованный язык этрусков, язык пеласгов, о котором не было известно ничего, кроме названия. Потом он начал объявлять яфетическими и языки с известными родственными связями: чувашский, берберский и др. И всегда яфетическим языком оказывался армянский. Именно безуспешные попытки доказать грузино-армянское родство привели Николая Яковлевича к двум ключевым идеям, которые он сохранит до конца, даже когда вообще откажется от родства языков: скрещения языков и классовости языка.
Идея скрещения языков существовала в науке и до Марра. Не все лингвисты (в том числе такие крупные как И. А. Бодуэн де Куртенэ) были согласны с одним из постулатов сравнительно-исторического языкознания, согласно которому языки только расходятся, дробятся, но никогда не сходятся, не скрещиваются (влияние одного языка на другой может проявляться лишь в заимствованиях, которые не меняют генетической принадлежности языка). Английский язык эти ученые иногда считали смешанным германо-романским, а идиш – то ли германо-семитским, то ли германо-славянским. Тем более имелись основания считать смешанными языками всякие пиджины. Этот вопрос и поныне вызывает споры. Но Марр, как не раз с ним бывало, брал некоторую уже существовавшую идею и доводил до абсурда. Любой язык ему хотелось представить как результат скрещения каких-то разных языков. Начал он с армянского языка, пытаясь первоначально примирить свою любимую идею с общепринятыми трактовками: этот язык, по Марру, результат скрещения «простонародного» яфетического языка с «княжеским» языком, который он соглашался считать индоевропейским. Так еще до 1917 г. возникла идея классовых языков, за которые потом будет критиковать Марра Сталин. В дальнейшем Николай Яковлевич распространил ту же идею на другие языки, причем яфетический компонент в соответствии с духом времени у него оказывался связан с народными массами, угнетенными, завоеванными и пр. Например, в Древнем Риме известна борьба патрициев и плебеев. Латинское слово plebs имеет собирательное значение, обозначая не одного человека, а совокупность людей. А в грузинском языке имеется показатель множественного числа -eb, который можно при желании выделить в pl-eb-s. Вывод: латинский язык – результат скрещения яфетического языка угнетенных плебеев и индоевропейского языка завоевателей – патрициев. Итогом данного этапа деятельности академика стала имевшая успех книга «Третий этнический элемент в Древнем Средиземноморье» (два первых элемента – индоевропейский и семитский, третий – яфетический).