В конце 70-х гг. японский рецензент первой в СССР книги о Невском Л. Л. Громковской и Е. И. Кычанова высказал единственное критическое замечание: в книге не сказано о восьми последних годах жизни ученого в заключении. Затем он добавил: «Может быть, это и не нужно». Но лишь в 1990 г. из справки УКГБ по Ленинградской области впервые стало известно, что никаких восьми лет не было, а после вынужденных признаний Невский не прожил и трех недель.
Следственное дело, основные материалы которого теперь опубликованы Е. Н. Невской, стереотипно и похоже на тысячи других. Три протокола допросов, признания в вербовке японской разведшколой перед отъездом в СССР, обвинительное заключение, изобличавшее почти нигде не бывавшего Николая Александровича в передаче японцам материалов «о состоянии и мощи боевых единиц Балт. флота, о численности и вооружении Ленинградского гарнизона, о политических настроениях и боевой подготовке комсостава Лен. Военного округа, о мощи авиации и состоянии аэродромов», приговор к высшей мере и, наконец, акт о приведении приговора в исполнение от 24 ноября 1937 г. Тогда же казнили его жену (она единственная из всех не признала себя виновной), блестящего китаиста Б. А. Васильева, маньчжуриста П. И. Воробьева, япониста Д. П. Жукова и еще несколько человек, среди которых оказался известный поэт Николай Олейников, попавший в эту группу из-за дружбы с Жуковым.
Человека погубили, а наследию его повезло больше. Погибла лишь та его сравнительно небольшая часть, которая находилась в печати. Рукописный же архив ученого не заинтересовал НКВД и в итоге попал в Институт востоковедения Академии наук; теперь его петербургская часть стала Институтом восточных рукописей, где в Архиве востоковедов он хранится и сейчас. Опасения Невского в отношении тангутской части архива, к сожалению, подтвердились: один из ленинградских востоковедов их «прибрал», однако, в конце концов, не без труда их удалось вернуть.
В 1957 г. Невского и всех погибших вместе с ним реабилитировали. Первым вопрос об издании его архива поднял Н. И. Конрад, сам пострадавший за связи с «резидентом разведки» Невским. Вероятно, он чувствовал свою косвенную вину в гибели друга, которого уговорил вернуться на родину, и хотел хоть чем-то ее загладить. Из всего, что сохранилось, Конрад решил в первую очередь издавать работы по тангутике. В 1960 г. книга «Тангутская филология» вышла в свет, а через два года, тоже при активном участии Конрада, получила Ленинскую премию, награду, которой удостаивались очень немногие (сам Конрад ее так и не получил). Но в нее вошли далеко не все работы ученого по данной тематике, в частности, словарь из 4201 знака не издан и поныне.