Яковлев в комитете был председателем Технографической комиссии, то есть он возглавлял его научную часть. Он был и основным докладчиком на многочисленных совещаниях по языковому строительству. Как писал впоследствии М. В. Панов, «многообразным было его участие в общей работе. В создании одних алфавитов он был главный работник, других – помогал совершенствовать, консультировал на разных этапах их готовности. Принимал участие в “доводке” третьих. Четвертые алфавиты строились с учетом конкретного опыта Н. Ф. Яковлева, его достижений. Наконец, создатели пятой группы алфавитов не следовали конкретному опыту Н. Ф. Яковлева, но принимали во внимание его теорию». Ученый оставил после себя «фирменный знак» – букву I для передачи гортанных фонем, существующих в кавказских языках, именуемую «яковлевской палочкой».
Создание алфавитов определялось не только фонологией. Яковлев и его сотрудники получили большие полномочия в рамках строго определенного круга вопросов. Надо было решать много сложных проблем: для каких народов создавать свой алфавит, а какие обучать грамоте на языке более крупного соседа, какой диалект считать опорным, на каком языке достаточно начального обучения, а на каком надо создавать среднее, а то и высшее образование и пр. Яковлев выступал и с теоретическими публикациями об этом. И многоаспектным был вопрос о самом выборе системы письма. Традиционные системы письма (арабская, старая монгольская), были отвергнуты как разобщавшие народы и связанные со старой культурой, а кириллица тогда прочно ассоциировалась с царским временем и политикой обрусения. Поэтому самой нейтральной была признана латинская письменность, сближавшая народы СССР и между собой, и с «трудящимися Запада и Востока» (в это время перешли от арабского к латинскому алфавиту не только в СССР, но и в Турции). И к 1936 г., по подсчетам самого Яковлева, был создан 71 новый алфавит на латинской основе. Это впечатляло.
Латинизация, однако, имела одно препятствие. Как заявлял Яковлев в публикации 1929 г., «клином» между Западом, давно пользующимся латинским алфавитом, и Востоком, переходящим на него, лежат области распространения русского, украинского и белорусского языков, где сохранялась кириллица. Яковлев, как и Поливанов, подчеркивал, что дело не в качествах самого алфавита (с фонологической точки зрения кириллица не хуже и не лучше латиницы), а в том, что кириллица в отличие от латиницы не является мировым алфавитом. Поэтому Яковлев добился создания при Наркомпросе комиссии под своим председательством для латинизации русского письма. В комиссию входили и другие квалифицированные ученые: Л. И. Жирков, А. М. Сухотин, В. И. Лыткин. В начале 1930 г. проект русской латиницы был готов и опубликован. Точнее, были предложены даже три варианта, различавшиеся начертанием некоторых букв, но составленные по единому принципу.