И грустным был конец жизни ученого. В октябре 1933 г., в разгаре деятельности, с ним на работе случился инсульт. И. В. Мегрелидзе уже в годы перестройки утверждал, будто его спровоцировало резкое заявление Сталина о том, что Марр «сорвал языковое строительство», но подтверждений этому нет. Марр несколько дней находился между жизнью и смертью, его долго не могли даже вывезти из ГАИМК в больницу. В тот раз он выжил, даже стал появляться на людях и ездил в санаторий в Крым, но полного восстановления так и не случилось, работать он больше не смог. Коллеги запомнили, как на похороны его старого друга академика С. Ф. Ольденбурга с огромным трудом все-таки пришел Марр и сказал: «Прощай, Сергей, мы скоро встретимся». А Николай Яковлевич перед этим объявил себя атеистом. Помирившийся с учителем под конец его жизни И. А. Орбели рассказывал, что тот уже тяготился «новым учением» и с тоской вспоминал о временах яфетической семьи. Но ученый уже не был властен над созданным им мифом. Марру становилось все хуже, и 20 декабря 1934 г. он умер. Похоронили его в Александро-Невской лавре пышно, в день похорон в Ленинграде отменили занятия в школах.
О роли, которую играло имя Марра в последующие полтора десятилетия, мне говорил сотрудник основанного им Яфетического института, позднее ставшего Институтом языка и мышления, И. И. Цукерман: «Марр был для нас щитом, под прикрытием которого мы могли заниматься тем, чем хотели». Было положено хвалить Марра как великого ученого и основоположника марксистского языкознания, имелся набор его высказываний, который можно было взять из цитатника, но большинство его идей вышло из активного употребления. Ставший его преемником И. И. Мещанинов имел совсем иной, не «вулканический» темперамент, а в научном плане отошел от него далеко. И когда громовержца не стало, в науке обстановка на время успокоилась.
Марр-человек умер, а Марр как мифологическая фигура продолжал жить, и его именем время от времени совершались новые безобразия на научном фронте, как это происходило в 1948–1949 гг., когда до языкознания дошли борьба с «менделизмом – вейсманизмом – морганизмом» и «космополитизмом». И вдруг громовержец сам был повержен «самим» Сталиным, выступившим против него 20 июня 1950 г. О причинах вмешательства вождя в вопросы языкознания можно рассуждать много, версий достаточно. Отмечу лишь одно: насколько «новое учение о языке» соответствовало конъюнктуре 20-х гг., настолько оно не соответствовало конъюнктуре последних лет жизни Сталина, когда интернационализм сменился великодержавностью и началось, пусть не полностью, возвращение к прежним традициям. В 40-е годы востоковед Н. М. Гольдберг сказал в разговоре: «До сих пор мы шли новым, неизведанным путем, а сейчас мы встали на такой, каким уже идут другие страны». И в области науки Марр, как это понял Сталин, мог быть хорошим примером опасности «новых, неизведанных путей», а статья вождя фактически снимала проблему построения особой «марксистской лингвистики», предписывая вернуться к русской науке о языке дореволюционного времени.