«В университете успехам научной туркологии по-прежнему больше всего содействуют работы Поливанова, но неизвестно, надолго ли его хватит; и физически, и нравственно он все больше опускается». Академик ошибся в прогнозе: пожалуй, самый научно насыщенный в жизни Поливанова московский период деятельности еще был впереди.
Но и в ташкентские годы Поливанов много сделал для науки, число его публикаций в это время велико. Попав в Узбекистан, он, не оставляя японистики и китаистики, активно начинает заниматься тюркологией, особенно изучением узбекских диалектов, многое, но далеко не все удалось напечатать. По мнению ведущего сейчас московского тюрколога А. В. Дыбо, его работы по узбекским диалектам намного превосходят все, что было сделано в этой области и до, и после него. Кроме того, 20-е гг. по всей стране были периодом активной работы по языковому строительству, включая создание или реформу письменностей народов СССР (подробнее см. очерк «Дважды умерший»). Поливанов стал активнейшим участником этой деятельности, он выступает на съездах и конференциях, создает первый проект узбекской письменности на латинской основе, издает в Москве брошюру «Проблема латинского шрифта в турецких письменностях» (турецкими языками тогда часто называли тюркские). Он указывал, что новые алфавиты необходимо создавать на латинской основе. Дело не в каких-то особых свойствах: как указывал Поливанов, латинский алфавит сам по себе не лучше и не хуже кириллицы. Но «эпоха – недоброй памяти – русского колонизаторства оставила такую ненависть в турецких народах (сужу по туркестанским) к русификации и ее орудию – миссионерским русским транскрипциям, что само напоминание о русском шрифте болезненно, как тревожащее недавние раны от национального гнета; и потому попытки отстаивать (для каких-либо теоретических соображений) возможность пользоваться русской транскрипцией отнюдь нельзя рекомендовать». Такой взгляд преобладал в стране до второй половины 30-х гг.
В 1926 г. Поливанов уезжает из Ташкента и оказывается на несколько месяцев во Владивостоке, где читает лекции в Дальневосточном университете; есть также сведения о том, что он с каким-то заданием ездил в это время в Китай и Японию. Из Владивостока он в том же году переезжает в Москву. Политическая его деятельность уже окончена, но московский период становится пиком его научной деятельности. К сожалению, он продолжался лишь три года.
В Москву Поливанова пригласил В. М. Фриче, старый революционер, литературовед-марксист, руководивший в это время литературным отделом Коммунистической академии и курировавший в Москве все филологические науки. Для него ташкентский ученый был «красным профессором», далеким во всех отношениях от традиций «буржуазной» Московской школы Ф. Ф. Фортунатова и его учеников, который мог бы возглавить борьбу против господствовавшего в московском языкознании «формализма». Поливанов некоторое время колебался между Москвой и Ленинградом, по поводу своего возвращения на Неву он вел переговоры с Н. Я. Марром, тогда их отношения еще оставались хорошими. Но в результате он предпочел Москву, где стал заведующим лингвистической секцией Института языка и литературы РАНИОН (Российской ассоциации научных институтов общественных наук). Фактически он возглавил московское языкознание.