Но и в начале ХХ в. Марр был популярен. Вехи его биографии уже в дореволюционные годы – неуклонный путь вверх: с 1891 г. приват-доцент, с 1899 г. магистр, с 1900 г. экстраординарный профессор, с 1902 г. доктор и ординарный профессор, с 1909 г. адъюнкт Академии наук, с 1911 г. – декан восточного факультета, с 1912 г. академик. Он быстро вошел в когорту знаменитых русских востоковедов. Позже его ученик академик И. А. Орбели скажет: «Вы знаете, что за люди были на факультете… Но… поверьте, гений был только один – Марр».
Но чем больше, тем дальше проявлялись черты сложного характера Марра. В его некрологе работавший под его руководством на факультете академик В. М. Алексеев напишет: «Это грандиозный, бурный, беспредельный темперамент… Это был вечный гейзер, не деливший своих вод на струи и назначения, – вулкан, действовавший в едином огне и сотрясавший все вокруг… При столкновении с людьми… особенно с людьми более размеренной жизни и более размеренных убеждений, не мог не причинять себе и им обид и огорчений, тем более что в окружающей действительности он вряд ли мог встретить людей, понимавших его во всех статьях». Сам Алексеев испытал этот темперамент и на себе: в 1913 г. Марр, тогда декан, запретил ему читать курс по учению Лао-Цзы, поскольку там излагалась «атомистическая теория на футуристическом языке». А сам Николай Яковлевич писал: «Я привык слушать всех, кто давал мне советы (а их так много), чтобы тем резче часто сделать совершенно противоположное». Единственным человеком, имевшим на него влияние, был его учитель, крупный востоковед барон В. Р. Розен, который уговорил его не публиковать наиболее вызывающие положения до защиты докторской диссертации, но после его смерти в 1908 г. воздействовать на вулкан стало некому.
Ситуация усугублялась негласным кодексом поведения, существовавшим в среде востоковедов: не высказываться по тематике, выходящей за пределы их узкой специализации, и тем более по языкам, досконально не изученным. А поскольку в университете крупных кавказоведов, кроме Марра, не было, то критические выступления по его адресу были невозможны. Марр заботился о своем монополизме, точнее, о монополизме своей школы: к моменту революции у него уже было немало учеников, среди них такие крупные ученые как И. А. Орбели, И. А. Джавахишвили, А. Г. Шанидзе. А чужаков он старался изгнать из кавказоведения, так, он не дал возможности продолжать занятия армянским языком видному языковеду А. И. Томсону, опубликовавшему армянскую грамматику (именно Томсон спустя много лет пожалеет исписанную Марром бумагу). Не мог он до конца справиться лишь с конкурентами из Грузии и Армении, где, особенно в Грузии, всегда существовала ему оппозиция. Там могли разбираться в его построениях, тогда как петербургские коллеги исходили из презумпции научной достоверности и не догадывались, что и в ранний период ученый мог, если в толковании места в памятнике одно слово не укладывалось в его концепцию, зачеркнуть слово и делать вид, что его нет.