К этому добавлялся и другой фактор. Академик, пользуясь своим официальным положением и авторитетом, активно помогал людям из своего окружения, в той или иной степени «отклонявшимся от официальной линии». Некоторые из них под конец его жизни стали пополнять ряды диссидентов, а позже эмигрировали. Покровительствовал он не только востоковедам, например, пригласив для оформления издания Достоевского в «Литературных памятниках» Э. Неизвестного. Бывали у него и столкновения с начальством. Конрад, как показывает его переписка, несколько лет был увлечен возникшей у него идеей издать в одном томе три знаменитые «исповеди»: Августина, Ж.-Ж. Руссо и Л. Н. Толстого, развернулась работа (Августин и Руссо были заново переведены), но «инстанции» выступили против (возражение вызвали не только епископ Августин, но и, казалось бы, канонизированный Толстой), издание не состоялось. Все это поддерживало репутацию «прогрессивного ученого».
Впрочем, официальное положение академика было прочным. Он имел два ордена Ленина, а к приближавшемуся восьмидесятилетию Институт востоковедения представил Николая Иосифовича к званию Героя Социалистического Труда, однако до юбилея он не дожил полугода. Правда, за несколько месяцев до его смерти книга «Восток и Запад» выдвигалась на Ленинскую премию и дошла до финишной прямой, но премии не дали. Но уже посмертно Конрад получил Государственную премию СССР за вышедший незадолго до его смерти Большой японско-русский словарь (он был его ответственным редактором, хотя ведущую роль в организации работы и редактировании играла Н. И. Фельдман, тоже получившая премию). А Япония его первым из советских ученых наградила в марте 1969 г. орденом Восходящего солнца, об этом сообщили в газетах, но Конрад в письмах жаловался на то, что академическое руководство его не поздравило.
Последний год жизни принес Николаю Иосифовичу две неприятности. Одна была связана с Ленинской премией, а вторая – со статьей в журнале «Иностранная литература» видного китаиста из последних учеников В. М. Алексеева, тоже сотрудника Института востоковедения Л. З. Эйдлина. Они с Конрадом были знакомы со времен эвакуации, их отношения всегда были хорошими, двумя годами раньше Конрад выступал оппонентом по докторской диссертации Эйдлина. И вдруг тот напечатал статью, где довольно убедительно спорил с концепцией «восточного Ренессанса». К тому времени академика уже давно публично не задевали. Получился эффект разорвавшейся бомбы. Сразу пошли разговоры о том, кто стоит за спиной Эйдлина, естественно, травлю «прогрессивного ученого» приписали официальным кругам, вопрос был лишь в том, каким. При этом трудно было не признать, что китаист по сути спора с академиком был прав. Рассказывали, что Николай Иосифович тяжело переживал публикацию статьи. Через два месяца в санатории «Узкое» с ним случился инсульт, а еще через две недели, 30 сентября 1970 г. его не стало. Сразу пошли разговоры о вине в этой смерти статьи в журнале, хотя такое нельзя доказать, как, впрочем, и опровергнуть.