В XIII столетии в южнорусские земли вторглись монголо-татарские полчища. Они надолго опустошили Подонье, и прекратилась жизнь на нынешней территории Ростова. Русский народ объединился вокруг г. Москвы в 1480 году, полностью освободившись от монголо-татарского ига.
Во второй половине XV века Приазовье захватили турки.
В этот период в Московском государстве усилилось феодально-помещичье закабаление крестьян. Наиболее сильные, мужественные и свободолюбивые — те, кто не мог забыть своей воли, уходили из родных мест искать счастья на юг — в «Дикое поле», обрекая себя на вечную борьбу с татарами. Эти русские люди встречались в «Диком поле» со смелыми хазарами, печенегами, половцами, соединялись с ними, положив, таким образом, основу Донскому казачеству. Мужественно защищали они землю по течению Дона вплоть до его устья от вторжения турок и крымских татар, совершали смелые, походы под Азов, в Крым, ходили морем до Трапезунда и Константинополя. В 1637 году казаки взяли Азов, но в 1642-м, по требованию царя, город-крепость был возвращен туркам. В 1692 году Петр I вновь овладел Азовом, а в 1698 году начал строить город Таганрог. Таким образом, стал осуществляться правительственный контроль за внутренней торговлей, для чего в низовьях Дона еще в начале XVIII века царь сосредоточил воинский гарнизон в крепости Св. Анны, построенной в 1731 году на Дону — в трех верстах от Черкасска.
Постепенно назревала необходимость учредить в низовьях Дона специальную пограничную таможню. На правом берегу Дона, в двух верстах и трехстах саженях выше впадения в него реки Темерник, она и была обустроена. Это урочище получило название «Богатый Колодезь». 15 декабря 1749 года императрица Елизавета Петровна издала Указ о постройке вблизи урочища пограничной таможни для взимания пошлины с товаров, привозимых из Турции или вывозимых за границу.
В 1761 году на территории, занимаемой ныне Ростовом, началась постройка крепости, которой было присвоено имя Святого Дмитрия Ростовского. Крепость нужна была как опорный пункт в борьбе за освобождение Приазовских, Причерноморских земель от турок, а также распространения русского влияния на Кубань и Северный Кавказ. Строил крепость крупный военный инженер, генерал русской армии Александр Иванович Ригельман. Вскоре вокруг крепости образовалось несколько слобод — купеческая, солдатская и другие, здесь проживало много людей украинской национальности. В войне с Турцией 1768 года крепость сыграла важную роль как опорный пункт и база. В 1774 году Россия заключила выгодный Кучук-Кайнаджийский мирный договор, по которому татарское ханство в Крыму было признано независимым от Турции.