Погода продолжала ухудшаться, сила ветра достигла 9 баллов. От намокания зерна вес парохода резко увеличился, особенно в носовой части. Замеры глубины, произведенные до шторма, показали, что «Харьков» своей средней частью лежит на грунте, а нос и корма находятся на весу.
Разбухание зерна вызвало деформацию стальных поперечных переборок и палубы, получили повреждения и крышки люков. Подошедшее во время шторма к району аварии турецкое спасательное судно «Адалет» не смогло оказать «Харькову» какой-либо помощи, и утром 11 марта он начал переламываться на две части. С треском лопнула палуба, ватервейс, ширстрек и листы наружной обшивки до ватерлинии. Образовавшиеся трещины и гофры в обшивке уходили в воду, к килю. Предполагалось, что полного разлома судна не произошло.
Спасательный отряд ЭПРОНа во главе с В. И. Правдиным и инженером Е. Е. Вагнером к месту аварии смог прибыть лишь 21 марта — после выполнения всех формальностей, установленных турецкими властями. На помощь «Харькову» подошли ледокол «Торос», пароходы «Восток», «Черноморец», «Земляк», «Райкомвод», турецкий спасатель «Адалет».
Вначале было решено соединить металлоконструкциями палубу и борта в районе ширстрека, зерно и сельскохозяйственные орудия перегрузить на другие транспорты, снять «Харьков» с отмели и отбуксировать в Севастополь.
Чтобы уменьшить изгибающий момент в опасном сечении, прежде всего стали разгружать концевые трюмы. 22 марта начались работы по восстановлению общей прочности судна, однако через пять дней их пришлось прекратить: обнаружилось, что трещина на левом борту ниже ватерлинии значительно увеличилась и кормовая часть опустилась по отношению к носовой. Было похоже, что корпус переломился полностью. Чтобы проверить это предположение, вблизи трещины под днищем промыли туннель. 2 апреля водолазы установили, что горизонтальный киль и несколько днищевых поясов деформировались, но уцелели. Тогда решили еще раз попытаться снять судно целиком. Но 4 апреля снова начался шторм. Пароход, облегченный после разгрузки, под ударами волн продолжал разрушаться. Верхняя палуба в месте разрыва разошлась еще больше. Кормовая часть на этот раз поднялась выше носовой.
Стало ясно, что спасти судно можно лишь по частям.
11 апреля газовой резкой и взрывами удалось полностью расчленить судно на две части в месте разлома возле носовой переборки машинно-котельного отделения. 17 апреля, после заделки пробоин, откачки воды и разгрузки, была стянута на глубокую воду кормовая часть. Ее отбуксировали в Босфор и поставили на отмель. Здесь тщательно заделали бетоном все водотечные места, основательно укрепили носовую переборку машинно-котельного отделения, разожгли котел и дали пар. С 25 апреля по 6 мая кормовая часть прошла докование и 11 мая ледокол «Торос» начал буксировать ее в Севастополь.