Реалистичность подобного подхода может быть проиллюстрирована на примере рибосом. Рибосомы производят все белки используемые в любых живых организмах на этой планете. Типичная рибосома сравнительно невелика (несколько тысяч кубических нанометров), но способна построить практически любой белок, последовательно соединяя аминокислоты (составные части белков) в определенном порядке. Для этого у рибосомы есть возможность выборочно захватывать определенную аминокислоту (точнее, возможность выборочно захватывать определенную транспортную РНК, которая, в свою очередь, химически связывается определенным ферментом с необходимой аминокислотой), захватывать растущий полипептид и заставлять выбранную аминокислоту реагировать с окончанием полипептида, присоединяясь к нему.
Аналогично, ассемблер будет строить произвольную молекулярную структуру, следуя последовательности инструкций. Однако ассемблер обеспечит возможность трехмерного позиционирования и произвольной пространственной ориентации молекулярных компонентов (аналогов отдельных аминокислот), присоединяемых к растущей сложной молекулярной структуре (аналогу растущего полипептида). Вдобавок, ассемблер сможет формировать различные виды химических связей, а не один вид (пептидную связь), как рибосома.
Одним из следствий существования ассемблеров станет то, что они будет дешевыми. Поскольку ассемблер можно запрограммировать на строительство практически любой структуры, в частности, его можно запрограммировать на строительство другого ассемблера. Таким образом, возможны самовоспроизводящиеся ассемблеры, вследствие чего, их стоимость будет состоять, главным образом, из стоимости сырья и энергии, необходимых для их производства.
Основная сложность с нанотехнологией — это проблема создания первого ассемблера. Существует несколько многообещающих направлений. Одно из них заключается в улучшении сканирующего туннельного микроскопа или атомно-силового микроскопа и достижении позционной точности и силы захвата, необходимых для того, чтобы мы могли с достаточной точностью устанавливать атомы и молекулы в пространстве. В этом направлении достигнут определенный прогресс; еще в 1990 году на первых страницах газет сообщалось о логотипе IBM, выложенном на никелевой подложке из 35 точно размещенных атомов ксенона.
Другой путь к созданию первого ассемблера ведет через химический синтез. Возможно спроектировать и синтезировать хитроумные химические компоненты, которые будут способны к самосборке в растворе.
И еще один путь ведет через биохимию. Рибосомы являются специализированными ассемблерами и мы можем использовать их для создания более универсальных ассемблеров. Серьезным препятствием на этом пути является проблема формирования пространственных молекул белков из их линейных полипептидных цепей (protein folding problem). Хотя общее решение этой проблемы может оказаться связанным с серьезными вычислительными трудностями, возможно, что удастся научиться предсказывать пространственную форму белка в некоторых специальных случаях, и набора этих предсказуемых белков может оказаться достаточно для создания универсального ассемблера.