После подписания приемных актов лодки зачислялись в состав 26-го дивизиона подводных лодок (ДПЛ) 3-й БПЛ КБФ (командир-капитан-лейтенант Е.Г.Юнаков) и базировались на порт Ораниенбаум (г. Ломоносов). 15 октября 1938 г. произошла трагедия – М-90 (командир-капитан-лейтенант Климов), выходя из гавани, столкнулась в надводном положении с посыльным судном ЛК-1. Во втором отсеке, затопленном через пробоину, погибли 4 члена экипажа. Лодка получила дифферент на нос и уткнулась форштевнем в грунт. На следующий день спасательное судно «Коммуна» подняло М-90 и доставило на завод № 196. Аварийно-восстановительный ремонт продолжался с 25 октября 1938 г. по 15 мая 1939 г.
Летом 1939 г. руководство НК ВМФ приняло решение усилить подводные силы на Севере. Вступившие к этому времени в строй М-87, М-88, М-89, М-91, М-92 и М-93 с 15 мая по 18 июня совершили переход по Беломорско-Балтийскому каналу им. И.В.Сталина и 21 июня 1939 г. образовали 4-й дивизион БПЛ СФ. В составе 26-го ДПЛ КБФ осталась только М-90 (командир – старший лейтенант П.А.Сидоренко), которой довелось принять участие в интересном эксперименте.
Во время советско-финской войны 1939-1940 гг. подводным лодкам КБФ пришлось действовать в условиях ледостава. Тогда-то и вспомнили о предложенном еще до войны старшим лейтенантом А.В.Лепешкиным «приборе для наблюдения с подводной лодки из- подо льда». 17 февраля 1940 г. Главный военный совет ВМФ, заслушав доклад изобретателя, одобрил конструкцию прибора и распорядился создать комиссию под председательством командира 3-й БПЛ КБФ капитана 2 ранга Н.И.Виноградова для его испытаний на подводной лодке М-90. Работы по переоборудованию велись на заводе № 196 под руководством командира БЧ-5 М-90 Н.И.Калушенкова. На тумбе перископа смонтировали так называемый «гидробур», на палубе надстройки установили две фермы с шипами в верхней части для предохранения лодки от удара об лед при всплытии. В ходе испытаний весной 1940 г. «гидробур», представлявший собой перевернутый «вверх ногами» крыльчатый двигатель Форт-Шнайдера, создавал струю воды, без труда размывавшую во льду отверстие, достаточное для прохода перископа. Главный военный совет ВМФ на заседании 15 мая 1940 г., признал, на основании доклада комиссии, прибор удачным, предложив устранить отдельные недостатки. В частности, предлагалось выполнить опоры заваливающимися для снижения сопротивления движению лодки в подводном положении. К сожалению, опыт не получил дальнейшего развития, по-видимому из-за отсутствия навигационных приборов для подледного плавания.