Неожиданно из центрального входа выбежал мужчина с автоматом в руках. Казалось, он сам не ожидал так близко столкнуться со спецназовцами и на несколько секунд замешкался. Прежде чем террорист поднял оружие, один из бойцов штурмовой группы открыл по нему плотный автоматный огонь, и тому ничего иного не оставалось, как тут же ретироваться назад в здание терминала. Отбросив опустошенную обойму, израильский спецназовец нырнул внутрь здания, преследуя террориста. Вбежав в помещение, он заметил мужчину и женщину с автоматами на изготовку прижавшихся к одной из стен. Не ожидая, пока по нему откроют огонь, спецназовец в броске на пол скосил террористов несколькими короткими очередями. В ту же секунду следом за ним в помещение старого пассажирского терминала ворвались остальные бойцы «Сайерет Маткаль». Рассеявшись по залу между лежавшими на полу заложниками, спецназовцы сделали еще несколько контрольных выстрелов по трупам террористов, чтобы исключить любую непредвиденную случайность. В этот момент в другом конце залав темноте всплыл еще один силуэт с автоматом в руках. Террорист попытался выстрелить, но тут же получил длинную автоматную очередь в голову и грудь. Все происходило настолько молниеносно, что со стороны захваченных врасплох террористов фактически не было оказано никакого существенного сопротивления. Начиная с первой стычки с угандийскими часовыми до окончания зачистки первого этажа и освобождения заложников миновало не более 15 секунд.
Вместе с тем, к сожалению, не обошлось без жертв среди заложников. Когда в зал пассажирского терминала ворвалась основная группа «Сайерет Маткаль», один из спецназовцев через мегафон стал кричать, успокаивая заложников: «Ану исраэлим, бану лакахат отхем а-байта!»[31] Один из заложников, молодой парень по имени Жан-Жак Маймони, наконец-то услышав родную речь, на радостях вскочил с пола и бросился к спецназовцам. Поскольку у парня была очень смуглая кожа, его ошибочно, в запарке боя, приняли за палестинского террориста и расстреляли на месте, практически в упор. В зале с заложниками находились и другие террористы, не ликвидированные во время первого удара. Во время вспыхнувшей перестрелки были ранены еще несколько заложников.
Параллельно с зачисткой помещений на первом этаже двое бойцов «Сайерет Маткаль» стали подниматься на верхние этажи старого пассажирского терминала. Необходимо было сразу прикрыть лестницу, ведущую на второй этаж, чтобы предотвратить возможность неожиданной контратаки. Они успели подняться всего лишь на два лестничных пролета, как навстречу им выбежала большая группа угандийских солдат. Бой был скоротечный, но чрезвычайно ожесточенный. Прежде чем на второй этаж успела подоспеть помощь товарищей, в коридоре уже лежало 12 бездыханных тел угандийских солдат и двоих террористов, попытавшихся найти убежище в комнате ожидания для высокопоставленных пассажиров VIP-класса.