После того как была окончательно завершена зачистка всех этажей старого пассажирского терминала, заложникам было приказано бросить все вещи и приготовиться к эвакуации. Никто не знал, что происходит снаружи. Со всех сторон доносились звуки длинных пулеметных очередей, прерываемые глухими разрывами артиллерийских снарядов. Это уже походило не на ювелирную антитеррористическую операцию, а на широкомасштабные военные действия.
Бригадный генерал Дан Шомрон, руководивший наземной частью антитеррористической операции, вздохнул с облегчением, получив сообщение по рации о том, что все заложники освобождены и спецназ готов начать их вывод к самолетам. К этой минуте стало ясно, что среди заложников было шестеро раненых и один убитый. Однако и «Сайерет Маткаль» понес тяжелые потери.
На подходе к старому пассажирскому терминалу по штурмовым группам «Сайерет Маткаль» был открыт огонь снайперами, засевшими на контрольной вышке. Именно в эти первые секунды штурма снайперским выстрелом в спину был смертельно ранен командир «Сайерет Маткаль» подполковник Йонатан (Йони) Нетаньяху. Он практически сразу лишился сознания и на протяжении всего боя продолжал лежать, истекая кровью, прямо перед центральным входом старого пассажирского терминала. Перед высадкой в Энтеббе подполковник Нетаньяху лично отдал приказ: до окончания зачистки старого пассажирского терминала никому из раненых не оказывать помощь, чтобы не сбить темп атаки. Однако, как выяснилось позже, ранение было настолько серьезным, что у него не было ни единого шанса выжить, даже при оказании своевременной медицинской помощи.
Прошло не более 15 минут с того момента, как шасси «Геркулеса» первой волны десанта коснулись взлетно-посадочной полосы Энтеббе. Свою часть операции бойцы «Сайерет Маткаль» выполнили с минимальными потерями. Во время планирования операции рассчитывали, при самом благоприятном развитии событий, на потерю трети личного состава спецназа Генштаба и примерно такое же процентное соотношение числа погибших заложников. Вместе с тем об окончательных результатах еще было слишком рано судить. Пока вся территория аэропорта Энтеббе не была очищена от угандийских солдат, освобожденные заложники и «Сайерет Маткаль» не могли отойти к ожидавшим их самолетам. Покинув старый пассажирский терминал, они тут же оказывались на совершенно открытой простреливаемой площадке. С каждой минутой шансы вернуться домой уменьшались в геометрической прогрессии. Время бежало неумолимо. Если бы десант второй волны не успел бы зачистить территорию аэропорта за отведенный на операцию час, территорию Энтеббе непременно окружили бы стягивающиеся в этот район крупные силы угандийской армии, включая танки и минометную артиллерию.