На территории аэропорта царил сущий ад. Наверняка угандийской армии за все время ее существования не приходилось испытывать подобного кошмара. Через 7 минут после высадки «Сайерет Маткаль» и группы прикрытия на взлетно-посадочной полосе Энтеббе приземлились три «Геркулеса» второй волны десанта, включавшей в себя отдельное спецподразделение под командованием майора Шауля Муфаза, спецназ 35-й воздушно-десантной бригады под командованием подполковника Матана Вильнаи, а также роту спецназа бригады «Голани» под командованием подполковника Ури Саги-Айзенберга. Бойцы спецназа 35-й бригады ВДВ сразу же несколькими точными выстрелами из ручного противотанкового гранатомета «Лау» уничтожили одну из контрольных вышек, где засели снайперы и пулеметчик. Разделившись на три автономные группы, каждая из которых имела строго определенное задание, вторая волна десанта погрузилась на бронетранспортеры и бронированные джипы с установленными на них безоткатными артиллерийскими орудиями и крупнокалиберными пулеметами.
Перед первой группой, которую возглавил майор Шауль Муфаз, была поставлена задача провести зачистку аэропорта и прилегающих к нему районов, разыскав и уничтожив рассыпавшихся по его территории угандийских солдат. Однако уже в первые минуты высадки произошла небольшая заминка, случившаяся по вине бойцов спецназа бригады «Голани» из первой волны десанта, обеспечивавших подсветку взлетно-посадочной полосы. Поскольку они должны были охватить участок в 600 метров, им не хватило времени, чтобы вернуться на исходные позиции до прибытия трех «Геркулесов», таким образом, они оказались на линии огня. Растянувшись широкой бронецепью, первая автономная группа стала проводить методичную зачистку территории аэропорта, уничтожая на своем пути все, что подавало признаки жизни. Обогнув новый пассажирский терминал и горящую контрольную вышку, от пламени которой на огромном участке аэропорта стало светло как днем, бойцы майора Шауля Муфаза неожиданно столкнулись с большим отрядом угандийских солдат. Увидев бронетранспортеры и бронированные джипы с израильскими шестиконечными звездами на бортах, угандийцы в дикой панике стали разбегаться, беспорядочно мечась в разные стороны. Высадка израильтян стала для них такой неожиданностью, что никто из них даже не думал о том, чтобы попытаться оказать сопротивление. Основная часть угандийского отряда упала на колени и, размахивая руками над головой, стала просить пощады. Израильтяне не щадили никого, расстреливая угандийцев прямой наводкой из тяжелых пулеметов или попросту наматывая их на гусеницы бронетранспортеров.