В то же время вторая группа, в которую вошли спецназовцы бригады «Голани» под командованием подполковника Ури Саги-Айзенберга, вышла к месту стоянки боевых самолетов. Первоначальный план предусматривал закладку под фюзеляжи «МиГов» мин замедленного действия, рассчитанных на взрыв только после того, как все четыре «Геркулеса» с десантом и заложниками покинут Уганду. Однако на территории аэропорта Энтеббе оказались только учебные машины, без боевого комплекта на борту, и подполковник Саги-Айзенберг принял решение сразу уничтожить все «МиГи», не дожидаясь начала эвакуации. В течение четверти часа угандийский диктатор лишился более десятка истребителей.
Третья группа, состоявшая из спецназа 35-й воздушно-десантной бригады подполковника Матана Вильнаи, должна была взять под свой контроль здание нового пассажирского терминала. Выполнение задачи затруднялось тем, что в новом корпусе могли находиться гражданские лица, на чей счет были даны однозначные инструкции. Ни при каких обстоятельствах ни один из пассажиров не должен был пострадать, иначе вся антитеррористическая операция могла бы привести к крайне негативному международному резонансу. Отряд десантников окружил здание и ворвался внутрь. На этот раз угандийские солдаты оказали яростное сопротивление. Бой в новом пассажирском терминале длился не более четверти часа. Угандийцы были в буквальном смысле смяты, однако во время перестрелки один из десантников получил тяжелое пулевое ранение в голову и впоследствии остался на всю жизнь прикованным к постели.
Взяв под свой контроль большую часть аэропорта Энтеббе, бригадный генерал Дан Шомрон отдал приказ к началу эвакуации. Первыми следовало вывести заложников и «Сайерет Маткаль». Однако во время отхода неожиданно возникло серьезное осложнение. Налет «Сайерет Маткаль» прошел настолько стремительно, что у бойцов просто не было времени, чтобы ввязываться в перестрелку с угандийцами, находившимися в ближайшей периферии здания. Угандийский снайпер, который смертельно ранил подполковника Нетаньяху, продолжал контролировать стоянку перед старым пассажирским терминалом, засев на контрольной вышке. Пришлось по рации срочно вызвать один из бронированных джипов подполковника Матана Вильнаи, выстрелом безоткатного артиллерийского орудия которого была уничтожена контрольная вышка, вместе с засевшим на ней угандийским снайпером.
Эвакуация прошла без единой задержки, так же быстро, как и высадка десанта. В 23:59 Энтеббе покинул первый самолет, увозя на борту бывших израильских и французских заложников. Спустя 41 минуту, ровно в 00:40, последние три «Геркулеса» поднялись в воздух, оставив за собой пылающий аэропорт с разбросанными по его территории трупами солдат Иди Амина. Кроме освобожденных заложников, десантники забрали с собой в Израиль трех палестинских террористов из организации НФОП, входивших в боевое крыло Вади Хаддада.