Спустя четверть часа с одного из ракетоносцев, на котором разместился штаб операции, поступил приказ к началу штурма.
Перед самым домом стоял автомобиль Абу Джихада, в котором, опустив сиденье водителя, спал один из его телохранителей по имени Али Абд аль-Аул. Двое спецназовцев из группы «Бет» тихо приблизились к машине и выстрелили телохранителю в голову. Бойцы группы «Алеф» ворвались во двор и бесшумно расстреляли садовника. Затем взломали массивную дверь специальным пневматическим приспособлением и, освещая себе путь маленькими фонарями, укрепленными под стволами автоматов, проскользнули внутрь дома. Среди них была блондинка, снимавшая всю операцию на видеокамеру. Все команды внутри дома отдавались на французском и арабском языках. Пока бойцы группы «Алеф» бежали на верхний этаж виллы, группа «Бет» спустилась в подвальное помещение и расстреляла спящего Набия Сулеймана Кришана, второго телохранителя Абу Джихада. С этого момента Халиль аль-Вазир Абу Джихад отсчитывал последние секунды своей жизни.
Группа «Алеф» поднялась по лестнице на второй этаж, приблизившись к спальне Абу Джихада и его жены Интицар. Неожиданно дверь распахнулась, и на пороге появился сам Абу Джихад. Он поднял пистолет и попытался выстрелить, но офицер спецназа опередил его, всадив в Абу Джихада несколько автоматных очередей. Как минимум 20 пуль впились в его грудь, прежде чем он упал на пол. Сразу за Абу Джихадом из спальни в одной ночной рубашке выбежала его жена Интицар аль-Вазир и с криком упала на труп мужа. Казалось, она старалась закрыть его своим телом, хотя тот был уже мертв. Один из спецназовцев силой оттащил ее от трупа и, угрожая пистолетом, поставил Интицар аль-Вазир лицом к стене. Затем еще трое человек попеременно подошли к лежавшему трупу и выпустили в него несколько автоматных очередей.
Командир «Сайерет Маткаль» подполковник Моше Аялон во время «зачистки» виллы находился внизу вместе с группами оцепления. Получив по рации сообщение о ликвидации Абу Джихада, он быстро вбежал в дом, чтобы лично удостовериться в том, что задание выполнено. Подполковник Аялон поднялся на второй этаж и коротко спросил: «Где он?» Командир группы «Алеф» показал на труп, лежавший на полу в луже крови. Моше Аялон перевернул труп ногой с живота на спину и сделал контрольный выстрел в голову Абу Джихада, хотя в этом уже не было особой необходимости. Тунисские медики насчитали в теле Халиль аль-Вазира Абу Джихада более 70 пуль. Несколькими днями позже в тунисских газетах были опубликованы подробности ликвидации Абу Джихада, описанные со слов его жены Интицар аль-Вазир: