В 1987 году, прямо перед Интифадой, «Палестинский Исламский Джихад» провел ряд кровавых террористических актов, в основном на территории сектора Газа. Новая страница в биографии организации началась с убийства израильского офицера военной полиции 6 октября 1987 года в секторе Газа. Во время засады, устроенной боевиками «Исламского Джихада», погибли двое израильтян и шестеро террористов. Лидеры организации утверждают, что именно с этого нападения на армейский джип началась Интифада. На протяжении всей Интифады организация шейха Фатхи Шкаки задавала тон. Впервые террористы-смертники были использованы «Палестинским Исламским Джихадом», и лишь потом этот жуткий, но весьма эффективный опыт переняли другие террористические организации, в частности – ХАМАС. Усилиями израильской службы безопасности ШАБАК многие активные члены организации были арестованы и депортированы на территорию Ливана, что значительно ослабило влияние и активность организации внутри сектора Газа.
В 1988 году – поджог лесов в заповеднике Кармель на севере страны.
6 июля 1988 года – террористический акт на линии 405-го автобуса, следовавшего маршрутом Тель-Авив – Иерусалим. С криками «Аллах акбар!» террорист набросился на водителя автобуса и с силой вывернул руль вправо. Водительвступил в борьбу с террористом, однако все его попытки выправить ситуацию оказались тщетными. Переполненный автобус, идущий на большой скорости, сошел с трассы и сорвался в ущелье с тридцатиметровой высоты. В результате этого страшного террористического акта 16 человек погибли, 27 получили тяжелые ранения.
В феврале 1990 года – убийство девяти израильских граждан во время нападения на туристический автобус в Египте.
Существует мнение, что израильские спецслужбы допустили непростительный просчет, предоставив «Палестинскому Исламскому Джихаду» полную, бесконтрольную свободу действий, выслав за пределы Израиля ее лидеров. Десятки палестинцев, высланных в Ливан, прошли настоящую школу террора. Воспользовавшись сложившейся ситуацией, Фатхи Шкаки реорганизовал группу, укрепив и расширив тесные контакты со «Стражами Иранской Революции» и «Хизбаллой», базирующимися на территории Ливана. Основная активность организации перенеслась из сектора Газа на территорию Ливана. Фатхи Шкаки смог расширить политические контакты организации. Ее представительства открылись в Бейруте, Дамаске, Тегеране, Хартуме, Аммане, Триполи, а также… во многих европейских столицах. Агрессивно настроенное по отношению к Израилю арабское окружение после нескольких неудачных попыток уже не рисковало идти на открытый военный конфликт, поэтому в лице «Палестинского Исламского Джихада» оно видело эффективный инструмент воздействия для достижения своих политических целей. Можно сказать, что Фатхи Шкаки смог косвенно объединить в борьбе с Израилем вокруг своей организации многих арабских лидеров, которым напрямую было бы намного сложнее договориться. На счета организации устремились значительные финансовые потоки. Ливийские спецслужбы, стараясь укрепить свое влияние на ближневосточные процессы, начали активно сотрудничать с «Палестинским Исламским Джихадом», возложив на себя непосредственную ответственность за безопасность ее лидеров, в частности шейха Фатхи Шкаки.