Какова бы ни была причина исцеления, все - врачи, придворные, великие княжны; как те, кто верил в Распутина, так и те, кто его ненавидел признавали загадочную связь между обоими событиями. Лишь для одного человека тайна эта вовсе не была тайной. Александра Федоровна прекрасно понимала, что произошло. Лучшие врачи России оказались бессильны помочь ее сыну, собственные ее молитвы оставались безответными, но стоило ей обратиться к Распутину, как предстателю ее перед Господом, как свершилось чудо. Отныне императрица была убеждена: жизнь ее ребенка в руках "старца". И последствия такой убежденности оказались роковыми.
После того, как кризис миновал, жизнь царской семьи вошла в прежнюю колею. Император принимал министров, обсуждая с ними войну, которую Болгария и Австрия вели против Турции. Охотился, играл в теннис, гулял в лесу, катался по реке на лодке. Однажды он повез катать Вырубову. Она вспоминала: "Государь повез меня на лодке по Пилице, мы наткнулись на песчаный островок и чуть не перевернулись".
Выздоровление цесаревича шло медленно. Целыми неделями мать оставалась вместе с ребенком. Он полулежал в постели, откинувшись на подушки, родительница сидела в кресле. Читала вслух или вязала.
"Должен предупредить Тебя, со слов докторов, что выздоровление Алексея будет медленное, он все еще ощущает боль в левом колене, которое до сих пор не может разогнуть, и лежит под подушками под этой ногой, сообщал 20 октября государь Марии Федоровне. - Но это их не беспокоит, главное, чтобы внутреннее рассасывание продолжалось, а для этого нужен покой. Цвет лица у него теперь хороший, а раньше он был совсем как воск, и руки и ноги также. Похудел он страшно, но зато и начали его питать доктора!"
Месяц спустя наследник поправился в достаточной мере, чтобы можно было возвращаться в Царское Село. По распоряжению императрицы дорога от дворца до вокзала была разровнена таким образом, чтобы на ней не осталось ни единого бугорка. Возвращаясь домой, царский поезд едва тащился, делая всего 25 верст в час.
Прежде чем Алексей Николаевич смог снова ходить, прошел почти год. Левая нога ребенка, прижатая к груди, не разгибалась несколько месяцев. Врачи укрепили на ней металлический треугольник, стороны которого можно было перемещать на различную величину. Треугольник постепенно раздвигался, и нога мало-помалу выпрямлялась. Но и год спустя, когда царская семья жила в Ливадии, чтобы вылечить хромоту, оставшуюся после Спалы, Алексею пришлось принимать горячие грязевые ванны. Все это время на официальных фотографиях цесаревич изображен сидящим или же стоящим на ступеньках с тем, чтобы травмированная нога казалась здоровой.