Заговор с целью убийства Столыпина оказался гнусным и запутанным делом. Покушавшийся, помощник присяжного поверенного Мордка Богров, был революционером и одновременно агентом охранной полиции. Получив от полиции разрешение продолжать работу в подполье, регулярно отправляя доносы охранке, Богров, по-видимому, оставался верным революции. Общепринятая и наиболее вероятная версия состоит в том, что свое положение полицейского агента он использовал для достижения революционных целей. Еще до приезда царя и премьер-министра в Киев Богров передал полиции подробную информацию о готовящемся покушении на Столыпина. Полиция пошла по указанному своим информатором следу, но слишком поздно убедилась, что он оказался ложным. Тем временем, получив от полиции пригласительный билет, Мордка вошел в оперный театр якобы с целью охранять Столыпина от террористов, которые могли проникнуть сквозь полицейские кордоны. Оказавшись в театре Богров достал пистолет и выстрелил.
Такова была официальная версия, которая была принята и всеми членами императорской семьи. "У меня нет слов, как я огорчена и возмущена убийством Столыпина, - писала Мария Федоровна. - Ужасное и скандальное дело. Разве можно сказать что-то хорошее о полиции, выбор которой пал на такую свинью, как этот революционер, чтобы использовать его в качестве полицейского осведомителя и телохранителя Столыпина. Это переходит все границы и показывает глупость полицейского начальства". Тем не менее считается открытым следующий вопрос. Почему если в театре находился царь, террорист выстрелил не в него, а в Столыпина? Хотя Богрова повесили, и четырех полицейских чиновников сняли с должности за допущенную ими преступную небрежность, существует подозрение, что убийство Столыпина произошло по указке влиятельных реакционеров, имевших связи с полицией.
Государь был искренне потрясен смертью своего премьер-министра. После покушения на него Столыпин прожил еще пять дней, и хотя личная охрана царя настаивала, в целях безопасности немедленно уехать в Ливадию, все это время император оставался поблизости. "Вернулся в Киев 3 сент[ября] вечером, заехал в лечебницу, где лежал Столыпин, видел его жену, которая меня не пустила", - сообщил он императрице-матери. Согласно программе царь совершал небольшую поездку по Днепру. "6 сент[ября] в 9 час. утра вернулся в Киев. Тут на пристани узнал от Коковцова о кончине Столыпина. Поехал прямо туда, при мне была отслужена панихида. Бедная вдова стояла как истукан и не могла плакать".
Вечером того же дня, когда произошло покушение, Коковцов взял бразды правления в свои руки и предотвратил новое несчастье. Поскольку террорист был евреем, население Киева готовило расправу над его единоверцами. "Всю ночь евреи укладывались и выносили пожитки, а с раннего утра потянулись возы на вокзал. Площадь перед вокзалом осталась запруженною толпою людей, ждавших подачи новых поездов", - вспоминает Коковцов. Перепуганные люди услышали цокот копыт. Появилась бесконечная кавалькада казаков с пиками, выделяющимися на фоне предрассветного неба. По своей инициативе Коковцов вызвал вызвал в Киев с маневров три полка кавалерии, чтобы предотвратить погромы. Когда помощник командующего войсками барон Зальца спросил, по чьему распоряжению это делается, Коковцов заявил: