В 1779–1786 годах стены со стороны Невы были облицованы блоками гранита. Для обороны северных подступов с суши в 1705–1708 годах на южном берегу Городского (ныне Петроградского) острова сооружен Кронверк (земляное укрепление). Для подвоза строительных материалов и снабжения гарнизона водой внутри Петропавловской крепости был прорыт канал (его засыпали в 1882 году).
В крепость вели пять ворот, построенных в 1703 году. В северных стенах – Кронверкские (перестроены в 1708–1709 годах), и Никольские (перестраивались в 1729, 1790-х и в 1874 году), в южной – Невские ворота, ведущие к Невской пристани (перестроены в 1787 году по проекту архитектора Н. А. Львова). В западной стене были построены Васильевские ворота, они перестраивались: в 1729–1730 годах, в 1790-х годах, а в 1850-х были разобраны. Воссоздали Васильевские ворота лишь столетие спустя, в 1954-м.
Главные ворота крепости – Петровские ворота в восточной стене – первоначально были выстроены из дерева, а затем, в 1717–1718 годах, из камня, по проекту Доменико Трезини. Это одна из немногих построек того времени, сохранивших в основном свой первоначальный вид. Въездная арка, очень небольшая в сравнении со всем сооружением, увенчана двуглавым орлом. Над ним, в центральной части ворот, большой деревянный рельеф «Низвержение Симона Волхва апостолом Петром» работы Конрада Оснера. По сторонам его, у боковых волют, рельефы, изображающие военную арматуру. В нишах, по бокам въездной арки, стоят декоративные скульптуры. Богатство скульптурных украшений, общий парадный характер выделяют Петровские ворота среди других построек начала XVIII века. В 1951 году эти ворота были капитально реставрированы.
В 1731–1740 годах с восточной наружной стороны крепости был построен Иоанновский равелин, в 1733–1740 с западной стороны – печально известный Алексеевский равелин (о нем речь пойдет немного ниже).
Архитектурный ансамбль Петропавловской крепости в XVIII–XIX веках дополнился и другими сооружениями. Так, в 1761–1762 годах архитектором А. Ф. Вистом рядом с собором был выстроен «домик дедушки русского флота» для ботика Петра I; закончилась перестройка Невских ворот; наконец, в 1796–1806 годах был создан Монетный двор, авторство которого приписывается архитектору А. Порто.
Но Петропавловская крепость, воздвигнутая для защиты невских берегов от возможного вторжения шведов, вскоре утратила свое военное значение. Уже в 1704 году на острове Котлин началось строительство военно-морской крепости Кронштадт, наглухо закрывшей вражеским кораблям вход в устье Невы, а вскоре победы русских войск окончательно обеспечили безопасность побережья Финского залива и приневских земель. И крепость стали использовать как тюрьму для особо опасных государственных преступников.