В первые годы существования Петербурга такие шпили играли особенно важную роль в облике города: они оживляли однообразие равнинной местности, как бы объединяя вокруг себя многочисленные низкие постройки. Петропавловский шпиль в XVIII веке несколько раз был поврежден во время грозы. В 1756 году удар молнии разрушил его так сильно, что восстановительные работы затянулись на многие годы. Всякий, даже незначительный, ремонт шпиля требовал от мастеров, производивших его, не только умения, но и мужества, ловкости и силы. Так, широко известным стал подвиг кровельщика Петра Телушкина, который в 1830 году без лесов, используя лишь веревку, сумел подняться на вершину шпиля и исправить повреждение креста.
В 1857–1858 годах деревянные конструкции шпиля были заменены металлическими (их спроектировали инженеры Д. И. Журавский, А. С. Рехневский, П. П. Мельников).
Петропавловский собор интересен не только своим внешним обликом, но и внутренним убранством. При входе в собор сразу бросается в глаза резной золоченый иконостас в виде триумфальных ворот. Его прихотливые узоры выполнены московскими мастерами Трифоном Ивановым и Иваном Телегой по рисунку замечательного русского зодчего Ивана Зарудного – строителя Меншиковой башни в Москве. Каждый узор иконостаса отделан с такой филигранной точностью, что кажется: нужен был многолетний труд десятков людей, чтобы создать это золоченое кружево. Между тем два мастера исполнили эту сложнейшую работу всего за четыре года.
Много злоключений пришлось пережить Петропавловскому собору в середине ХХ века. С начала Великой Отечественной войны шпиль Петропавловки был покрыт маскировочной краской. В 1941–1942 годах в результате бомбежек и артобстрелов фасады собора получили многочисленные повреждения, крыша была изрешечена осколками, из-за многочисленных протечек и нарушения температурного режима (с начала блокады собор не отапливался) пострадали росписи интерьеров, картины, иконостас.
В августе 1942 года комиссия экспертов обследовала собор, и по ее решению в декабре 1942 года бойцы 1-го батальона МПВО наглухо закрыли окна собора и отремонтировали его крышу. В октябре 1944-го со шпиля была смыта маскировка, а фасад отреставрировали только в августе – ноябре 1952 года. Через пять лет занялись реставрацией внутреннего убранства, руководили работами архитектор И. Н. Бенуа и инженер С. П. Стогов.
В 1957 году был заново вызолочен шпиль Петропавловки, а в 1978 году укреплены его металлические конструкции.
Еще в 1720-х годах на колокольне Петропавловского собора установили часы «с курантами в 35 колоколов» (они были куплены в Голландии за 45 тысяч рублей). При пожаре 1756 года они погибли, но в 1776 году были смонтированы новые часы (тоже изготовленные в Голландии мастером Оорт Красе). Куранты новых часов отбивали каждую четверть часа, полчаса, час, после чего вызванивали мелодию «Коль славен», а в полдень и полночь – «Боже, царя храни». В ХХ веке, в советское время, куранты стали исполнять «Интернационал», а после реставрации 1952 года – Гимн Советского Союза. Поскольку музыка Гимна с тех пор не изменилась, в XXI веке перенастраивать куранты не пришлось.