В 1922–1930 годах крейсер «Аврора» в качестве учебного корабля входил в состав Морских сил Балтийского моря и совершил множество учебных плаваний с курсантами высших военно-морских училищ. В 1933 году, после обследования корабля, решили, что ему необходим еще один капитальный ремонт. Но Ленинградский судостроительный был занят постройкой новых кораблей, и ремонт все откладывался, до тех пор, пока не решили корабль просто списать. Но тут началась Великая Отечественная война.
В годы Второй мировой войны личный состав и орудия «Авроры» участвовали в героической обороне Ленинграда. Всю войну крейсер провел в Ораниенбауме под Ленинградом. Корабль был включен в систему противовоздушной обороны Кронштадта. С первых же дней блокады города он огнем своей зенитной артиллерии отражал атаки немецкой авиации. Зимой «Аврора» продолжала служить плавучей базой соединения подводных лодок. Моряки крейсера и учащиеся-курсанты уходили на действующие корабли Балтийского флота, на корабли вновь создаваемых речных флотилий, на сухопутный Ленинградский фронт. Из орудий «Авроры» была сформирована артиллерийская батарея. Моряки крейсера, служившие на этой батарее, приняли неравный бой с немцами и погибли, до конца исполнив свой воинский долг 6–13 сентября 1941 года. Сам крейсер после полученных им 30 сентября 1941 года повреждений от попадания артиллерийских снарядов был посажен на грунт на ровном киле в Ораниенбаумской гавани. Оставшиеся орудия с него были выгружены, но до самого конца войны «Аврора» не спускала Военно-морской флаг СССР. Неподвижный, полузатопленный крейсер продолжал жить и бороться.
Еще до окончания войны, в 1944 году, было принято решение о восстановлении крейсера как памятника революции 1917 года. «Аврора» в 1945–1947 годах прошла капитальный ремонт, – внешний вид корабля был приближен к его виду в 1917 году. Подводная часть корпуса была сделана водонепроницаемой при помощи бетонной «рубашки», одетой на внутреннюю поверхность обшивки корабля. Были восстановлены надстройки, в том числе полностью заменены дымовые трубы, сильно поврежденные во время войны. В итоге корабль стал полноценной учебной базой для воспитанников Нахимовского училища, против здания которого на реке Большой Невке в Ленинграде корабль торжественно занял свое место 17 ноября 1947 года.
Музей на корабле начал создаваться с 1950 года силами личного состава, ветеранов-авроровцев и энтузиастов. В 1956 году корабельный музей получил статус филиала Центрального Военно-морского музея.
С 1961 года крейсер