Фома Аквинский разработал собственный вариант решения проблемы: по методу достижения истины наука и религия отличаются друг от друга, но по предмету такое различие является лишь частичным. По его мнению, есть истины науки, которые не имеют прямого отношения к религии, и в то же время не все религиозные догматы нуждаются в рациональном обосновании (они сверхразумны и их понимание не под силу разуму). Но ряду догматов религии необходимо обоснование, так как это укрепляет веру человека в них. Отсюда принцип гармонии веры и разума (однако при этом не отрицается приоритет веры над разумом).
Значительных успехов достигла в XIII веке схоластическая логика (Ламберт, Шервуд, Луллий, Петр Испанский и др.). Создание «новейшей логики» ставило перед этой наукой задачу доказательства новых истин, что было выражено в стремлении мыслителей дополнить уже известную логическую теорию логикой открытий. Луллий попытался представить моделирование мышления, что потребовало от него формализации логических действий.
Поздняя схоластика (ХIII – ХIV вв.) характеризуется возрастанием критического духа философии, который проявился в отношении к традиционным средневековым темам. Эта критика была направлена против крупнейших схоластических систем философии средневековья. Так, Иоанн Дунс Скот противопоставлял свои философские воззрения воззрениям Фомы Аквинского прежде всего в идеях индивидуализма, волюнтаризма, в отказе от завершенной системы. У. Оккам, Н. Орем отстаивали теорию «двойственности истины», противостоящую концепции гармонии веры и разума. Схоластическая философия приближалась к своему закату и упадку.
Выше речь шла главным образом о западноевропейской философии. В этот период бурно развивалась и философия в ближневосточных странах и мусульманской Испании. В частности, арабская философия стала связующим звеном между греческой философией и последующей ступенью европейской философии – схоластикой. Арабская философия переняла у греческой идеи Платона и неоплатоников, а затем и Аристотеля. Основное внимание в ней уделялось метафизике и формальной логике. При этом главной целью арабской философии этого периода было обоснование идей ислама. Среди видных философов – аль-Кинди, аль-Фараби, Авиценна, Ибн-Рушд (Аверроэс), аль-Газали.
С поздней схоластикой заканчивается средневековая философия, которая, несмотря на превращение философии в «служанку теологии», оставила глубокий след в развитии историко-философской мысли, сохранив преемственность интеллектуальных навыков, разработанных античностью, создав довольно систематизированный понятийно-терминологический аппарат, представив ряд новых философских проблем и их решений.