Среди онтологических проблем, которые исследовались философами этого периода, выделяется проблема единой, но многообразной субстанции.
В понимании субстанции обозначились два подхода: онтологический и гносеологический. Онтологический подход разрабатывали Ф. Бэкон, Т. Гоббс, Р. Декарт, Г. Лейбниц. Фрэнсис Бэкон отождествлял субстанцию с формой конкретных вещей, Томас Гоббс рассматривал материю в качестве единственной субстанции. Рене Декарт исходил из дуалистического понимания мира: он допускал существование нематериальной («мыслящей») и материальной («протяженной») субстанции. Дуализму Декарта противостоял монизм Бенедикта Спинозы. Он продолжил развитие пантеистических взглядов, отождествляя Бога и природу; при этом философ утверждал, что существует одна лишь материальная субстанция, основными атрибутами которой выступают протяженность и мышление. Спиноза определял субстанцию как причину самой себя.
Монизму Спинозы противостоял в понимании субстанции плюрализм Готфрида Лейбница, который считал, что материя не может быть субстанцией, так как она протяженна, а следовательно, делима. Субстанция же должна быть абсолютно целостной. Ее составляют, по его мнению, монады – неделимые духовные образования, число которых бесконечно.
Второй подход к понятию «субстанция» – гносеологический. Его разрабатывали Джон Локк, Джордж Беркли и Давид Юм. По Локку, идеи и понятия возникают как отражение внешнего мира. Материальным же телам присущи величина, форма, движение, покой (первичные качества); а также запахи, звуки, цвета, вкус (вторичные качества, которые возникают в субъекте под воздействием «первичных качеств»). Согласно Беркли, все вещи есть не что иное как комбинации ощущений, отсюда существовать – значит быть воспринимаемым. Юм отвергал реальное существование материальной и духовной субстанций; для него действительность – лишь поток «впечатлений», причины возникновения которых неизвестны и непостижимы.
Но все-таки на первом плане в философии Нового времени была не онтология, а гносеология – учение о познании.
Вопрос о достоверности получаемых знаний решался в философии Нового времени с позиций эмпиризма и рационализма. Эмпиризм утверждал идею, что чувственный опыт является единственным или главным источником знаний, а все знания обосновываются в опыте и посредством опыта. Среди сторонников эмпирического метода познания был Бэкон, который источник знаний и критерий их истинности видел в опыте, но при этом не отрицал и роль разума, заключающуюся в переработке данных чувственного познания. Эмпирический метод требовал освобождения человеческого разума от всякого рода заблуждений, предвзятых идей («идолов», или «призраков»), что также нашло отражение в работах Бэкона. Эти идеи подразделены им на следующие виды: