В 1966 году в силу возраста Грейс Хоппер была вынуждена уйти в отставку из военно-морских сил. Но не стоит думать, что ее история на этом заканчивается. ВМС предприняли бесчисленное множество попыток внедрить электронную систему выплат по огромной и запутанной системе расчетных листов. После неудачной попытки под номером 823 руководство выбросило белый флаг и попросило Грейс вернуться на службу — всего на шесть месяцев, чтобы покончить с этим кошмаром. Грейс вернулась на флот, решила проблему и больше не оставляла ВМС. Она еще много лет служила на флоте и выступала с лекциями. В 1973 году Грейс вышла в отставку в чине капитана.
В то время Хоппер направила все усилия на выработку дополнительных неофициальных стандартов для языков программирования FORTRAN и COBOL, которые позднее были утверждены в качестве образцов Национальным бюро стандартов. Смысл этих норм сводился к следующему: системы должны строиться с учетом их фактического использования и административных возможностей. Такие системы обходятся очень дешево и не нарушают работу уже имеющегося оборудования.
В 1983 году Грейс присвоили звание командующего эскадрой. В 1985 году это звание было упразднено и ему на смену пришло звание контр-адмирала. В 1986 году, когда Грейс окончательно оставила ВМС — только ВМС, но не работу, — ей исполнилось 80 лет. Хоппер была старейшим действующим офицером, и к ней относились как к живой легенде. Тогдашний президент США Джордж Буш-старший наградил ее медалью Министерства обороны «За выдающуюся службу» (к тому времени Грейс уже имела множество наград, но ни одна из них не могла сравниться с этой). Грейс Хоппер умерла 1 января 1992 года. Она была похоронена с воинскими почестями на Арлингтонском национальном кладбище.
В числе самых необычных почестей, которых она удостоилась, стал запуск в 1996 году миноносца, названного в ее честь. Менее масштабным, но столь же необычным стало присвоение ей премии «Человек года»: в 1969 году она стала первой женщиной — лауреатом премии «Человек года» (дословно «Man of the year», что также можно перевести как «Мужчина года»), присуждаемой Ассоциацией профессионалов индустрии информационных технологий. В 1991 году, незадолго до смерти, Хоппер получила высшую американскую награду в своей области — Национальную технологическую медаль.
О любви Грейс к инновациям слагались легенды: одна из ее передовых идей, впоследствии успешно реализованная, заключалась в том, что все суда должны управляться с помощью компьютеров. Также именно Хоппер принадлежит блестящее объяснение, что такое наносекунда. Как-то ее спросили, почему передача сигнала на дальние расстояния происходит не мгновенно. В ответ Грейс разрезала старый телефонный кабель на куски длиной 30 см и вуаля — именно такое расстояние проходит свет в вакууме за одну наносекунду. Сложно придумать более наглядное объяснение.