Испытания выявили также неблагоприятное сочетание степеней боковой и продольной устойчивости, для улучшения которого пришлось изменить угол поперечного «V» консольньх частей крыла. В ходе первого полета с открытием грузо-люка из-за деформации фюзеляжа от воздушных нагрузок створки не стали на замки. Садиться пришлось с незакрытым люком. Впоследствии фюзеляж в зоне выреза был усилен.
За 8 месяцев Ан-12 прошел программу заводских испытаний (Ан-8 - больше года, Ан-10 - 2 года), выполнил полеты с максимальным скоростным напором и посадки с одним и двумя неработающими двигателями. К концу испытаний (август 1958 г .) летали уже 3 самолета. Параллельно шло переучивание экипажей на новую машину. Однажды заводской летчик Елиферов на разбеге, чтобы сохранить прямолинейность движения самолета, резко притормозил колесами левой тележки. Пошел дым, прозвучало два хлопка, и куски резины полетели во все стороны. Тем не менее Ан-12 взлетел. При посадке летчик опять притормозил, раздались еще два «выстрела». Все четыре колеса тележки «разулись». Самолет, накренившись, загрохотал по бетону барабанами колес. Курьезный случай произошел с самолетом, командиром экипажа которого был Петров. Убрав шасси от левой гидросистемы, он забыл поставить кран в нейтральное положение. Второй пилот Елиферов при заходе на посадку, выпустив шасси от правой гидросистемы, тоже забыл поставить кран в нейтральное положение. Началась борьба двух гидросистем: «стреляли» перепускные и предохранительные клапаны, вибрировали трубопроводы, дергались стойки. Правая система победила: стойки выпустились. Однако сразу после касания земли левая система вновь сработала на уборку. К счастью, на этот раз летчики обратили внимание на положение кранов и исправили ошибку. Ан-12 остановился «на полусогнутых».
В конце августа первый Ан-12 перегнали на аэродром Третьякове под Москвой. Хотя перелет из Иркутска проходил на высоте 9-10 тысяч м, руководители аэропортов вдоль маршрута знали, что в воздухе новый самолет. Проявляя излишнее любопытство, они досаждали экипажу по радио, и Лысенко приходилось вежливо, но решительно отбиваться от них. А в районе Горького к «двенадцатой» даже пристроилась группа истребителей.
Для показа высокому военному начальству АН-12 перегнали на Центральный аэродром им. М.В.Фрунзе в центре Москвы. При посадке, из-за несогласованных действий экипажа, самолет грубо «скозлил», развернулся на 90 градусов, задел землю винтами двигателей правого полукрыла и остановился. Правая стойка шасси разрушилась.