Отец его умер рано – когда Александру было всего 12 лет. Семья жила на пенсию, и он еще в гимназии зарабатывал уроками и платил за учение свое и брата. Позже он сам себя содержал во время курса учения в Петербургском университете. По окончании университета он был оставлен при нем для научной работы (по кафедре истории) и в то же время примкнул, по многим дружеским связям, к представителям верхов русской культуры, достигшей блестящего расцвета в начале нашего века. Это время отмечено движением к Церкви и проповедью веры в утерявшем ее русском обществе. Движение это возникло в группе писателей, богословов и церковных деятелей, с которыми посильно работал и молодой студент А. Ельчанинов, предрекая этим путь всей своей жизни.
Его старший друг и наставник отец Сергий Булгаков так вспоминает те годы: «То было светское пастырство, проповедь веры в среде одичавшего в безбожии общества, и ей отдавался он, будущий пастырь, ранее своего пастырства. Во всей этой работе собирания духовных сил против безбожия и равнодушия он являлся неизменным и незаменимым тружеником и сотрудником, смиренным и преданным исполнителем того, что на него возлагалось. Имя его должно быть вписано в историю нашего церковного просвещения, как и новейшего движения христианской мысли в России. Этому содействовали и его личные свойства, особое очарование его юности. Когда он появлялся – со своим лучистым ласковым взглядом – навстречу ему раскрывались сердца и появлялись улыбки».
Особенная дружба, начавшаяся еще с детства, связывала его с будущим священником отцом Павлом Флоренским. Под его влиянием и по собственной склонности, хотя и не имея мысли о возможности для себя священства, он поступил в Богословскую академию Сергиева Посада, одновременно принял участие в только что основанном Московском Религиозно-Философском обществе и был его первым секретарем. В это же время в журнале «Новый путь» появилась его первая статья «О мистицизме Сперанского», а годом позже – книга «История религий». И опять отец Сергий Булгаков отмечает: «А. Ельчанинов был любим и принят одинаково в кругах литературной Москвы и Петербурга, и везде с радостью встречалось появление студента с лучезарной улыбкой и особой скромностью и готовностью слушать и запечатлевать бесконечные творческие беседы».
Также принял он участие в начинаниях, задуманных для преодоления традиционной зависимости Церкви от государства и ставивших своей задачей приближение общественного устройства к евангельскому идеалу. Он сам вспоминал, как ночью где-то в подмосковном лесу читал и пояснял рабочим Евангелие, за что и получил от полиции штраф в 100 рублей, будучи заподозрен в политической неблагонадежности.