Износившуюся цинковую обшивку корпуса заменили при доковании в Нагасаки. Однако продолжавшееся обрастание во время длительного плавания в южных широтах и выход из строя одного из котлов вместе с перегрузкой явились причиной снижения полной скорости до 9.76 уз.
После проведения ряда работ по усовершенствованию устройств и механизмов "Князь Пожарский" стал флагманским кораблем практической эскадры Балтийского моря. 18 марта 1885 г. его командиром назначили капитана 1 ранга С.О. Макарова, командовавшего кораблем до 17 сентября того же года.
Однако за столь короткий период Макаров, хорошо знакомый с фрегатом (он служил на нем еше во время пробного плавания в 1869 г., будучи мичманом, а во время кампаний 1883 и 1884 гг. являлся флаг- капитаном практической эскадры Балтийского моря, в состав которой входил "Князь Пожарский"), успел применить на своем корабле ряд важных технических новшеств.
Еще в 70-гг. XIX в. в соответствии с разрабатывавшимися Макаровым основными принципами обеспечения непотопляемости на корабле был установлен первый образец водоотливной системы с магистральной трубой, а в 1885 г. по указанию Макарова изготовлен пластырь для заделки больших таранных пробоин. Макаров также успешно испытал на "Князе Пожарском" разработанное им приспособление для стрельбы в штормовых условиях с закрытыми орудийными портами из относительно низко расположенной центральной батареи.
В июне 1885 г. "Князь Пожарский" принял участие в работах по снятию с мелководья броненосной батареи "Кремль”, выбросившейся на берег на южном побережье Финского залива.
В 1887 г. на фрегате заменили котлы. К 1890 г. из старой артиллерии на его вооружении остались лишь две 203-мм. две 152- мм и четыре 87-мм пушки. Взамен них появились два более скорострельных 64-мм орудия системы Барановского (они, будучи с колесными, лафетами служили и для десанта), две 47-мм и пять 37-мм пятиствольных револьверных пушек Готчкисса. одна 37-мм пушка для установки на марсах, а затем и два надводных торпедных аппарата.
1 февраля 1892 г. **Князь Пожарский” в соответствии с новой классификацией судов флота, утвержденной '“Высочайшим повелением” 30 декабря 1891 г., стал крейсером 1 ранга. Однако корабль, плававший в то время в отряде судов Морского кадетского корпуса, уже не имел серьезного боевого значения.
Выдвинутый в 1893 г. проект его капитального обновления, предусматривавший превращение в быстроходный безрангоутный океанский крейсер с современной артиллерией. не осуществился. В наступивший период бурного развития военной техники "Пожарскому’* осталась лишь скромная роль учебного корабля, в класс которых его официально зачислили значительно позднее — 24 марта 1906 г. В эти годы (1897 - 1906) корабль продолжал оставаться в отряде судов Морского кадетского корпуса, каждый год отправляясь в плавание в Балтийское море с кадетами на 3-4 летних месяца. Так. во время летней кампании 1906 г. “Пожарский" почти все время находился в порту, лишь изредка выходя в море посетив Гангэ. Ревель и Гельсингфорс.