В 963 году он устроил келью близ Меланы, а затем и храм во имя Предтечи Иоанна. Потом ниже старой своей, в Меланах, каливы начал строить церковь во имя Пресвятой Богородицы.
Построение этого храма было связано с чудом: рабочие, трудившиеся на строительстве, внезапно обессилили, и лишь молитвы преподобного вернули их в нормальное состояние. Впоследствии большая часть этих рабочих стала учениками преподобного. Кроме того, многие афонские иноки, желая быть учениками преподобного Афанасия, также собиралась в новой обители.
Когда храм во имя Пресвятой Богородицы был закончен, были устроены еще два небольших храма – во имя чудотворца Николая и во имя святых Сорока мучеников.
В это же время, 16 августа 963 года преподобный Афанасий принимает великую схиму.
После того как было закончено строительство храмов, были устроены кельи для братии, трапеза, вмещавшая в себе двадцать один стол из белого мрамора, и за каждым могло сидеть по двенадцать человек, потом больница-странноприимница, и другие необходимые постройки. Кроме того, так как вблизи новой обители не было источников воды, преподобный Афанасий устроил водопровод.
Во всех строительных работах преподобный Афанасий принимал личное участие. Он был так крепок и силен, что много раз один с одной стороны волок какой-нибудь груз, тогда как с другой волокли его три человека и едва успевали за ним следовать. Всех приходящих к нему преподобный принимал с христианской любовью. К церковным службам прилагал он все свое старание и заботился, чтоб они совершались благочинно и по уставу.
В то время когда преподобный Афанасий строил Лавру, попущением Божиим, случилось, что в один год были в ней такой неурожай и голод, что во множестве стекшиеся к нему братии, не вынося строгих подвигов и постигшего Лавру искушения, один за другим разошлись. Сам преподобный также решился оставить обитель. Когда преподобный Афанасий в смутном расположении духа шел по дороге к Карее и хотел было присесть, чтобы отдохнуть, вдруг показалась некая Жена, шедшая ему навстречу, под голубым воздушным покрывалом. Святой Афанасий пришел в смущение и, не веря собственным глазам, перекрестился.
– Откуда взяться здесь женщине, – спросил он сам себя, – когда вход женщинам сюда возбранен?
Удивляясь видению, приближался он к Незнакомке.
– Куда ты, старец? – скромно спросила Та святого Афанасия, поравнявшись с ним. Святой Афанасий, окинув Спутницу взором, взглянул Ей в глаза и в невольном чувстве почтительности потупился. Скромность одежды, тихий девственный взор Ее, трогательный голос – все показывало в ней Женщину неслучайную.