Императора Никифора очень огорчило это письмо. Не менее огорчило известие об уходе преподобного братию его Лавры, когда они узнали, что он, отослав двоих из своих спутников, скрылся неизвестно куда.
Сам же Афанасий, тем временем, скрылся на Кипре в монастыре Агиа-Мони (около Пафоса). Там до него дошел слух, что император приказал разыскивать его по всей империи. Из-за этого Афанасий хотел уйти в Иерусалим, но в Палестине в то время было нашествие мусульман. Не зная, что делать, преподобный обратился с молитвой к Богу. Ночью преподобный сподобился увидеть Господа, Который повелевал ему возвратиться в созданную им обитель. Афанасий повиновался воле Господней – он тотчас же отправился на Афон.
По дороге у ученика преподобного, Антония, опухла нога, и он подхватил горячку. Преподобный Афанасий молился о нем, и Господь, по молитве преподобного, исцелил его. Скрывая дар чудотворения, преподобный Афанасий делал вид, что лечит ученика травами.
После ухода преподобного Афанасия в созданной им Лавре царил хаос и безначалие. Поэтому монахи, увидев своего отца и пастыря, возрадовались великой радостью. Радовались и многие другие святогорцы, посещавшие Лавру, желая беседовать с преподобным.
Чрез некоторое время преподобному Афанасию по монастырским нуждам пришлось отправиться в Константинополь. Император Никифор Фока очень обрадовался его приезду. Он просил у преподобного прощения за нарушение обета. Преподобный радовался, видя его покаяние, и советовал императору, чтоб он прощал согрешившим против себя и был милостив к бедным.
Император Никифор убедил преподобного продолжить строительство и издал ряд хрисовулов, касавшихся Лавры, из которых сохранился только один, от 964 года. Император передал Афанасию для Лавры частицу Честного Древа, главу святителя Василия Великого и мощи других святых.
Проведя несколько дней в душеполезных беседах с императором и позаботившись обо всех монастырских нуждах, Афанасий оставил столицу. Прощаясь с преподобным Афанасием, царь дал ему хрисовул на ежегодное получение с острова Лемноса дани – двухсот сорока четырех златых монет, тогда же даровал он Лавре Афанасия и большой монастырь в Фессалониках. В другом хрисовуле Никифор назначил Афанасия игуменом Лавры с 80 монахами и постановил, что Лавра должна навсегда оставаться независимым монастырем, не подчиняясь ни светским, ни церковным лицам. Кроме того, по просьбе преподобного Афанасия, император Никифор назначил ежегодное пожертвование на нужды храма в Карее.
Вернувшись в свою обитель, преподобный Афанасий наладил хозяйство. Одним из аспектов своего служения он считал странноприимство. С целью приема паломников он решает устроить хорошую пристань близ обители. Как всегда преподобный принимал участие во всех работах. Во время строительства с преподобным Афанасием произошел несчастный случай: братья, несшие бревно, не удержали его, и оно упало прямо под ноги преподобному. В результате одна нога преподобного Афанасия была сломана в двух местах – в голени и лодыжке. После этого несчастного случая преподобный Афанасий долго не мог оправиться.