Последствия «академического дела» не исчерпывались искалеченными и загубленными жизнями ученых, была уничтожена русская историческая школа, а с нею трагически завершилась целая эпоха нашей культуры. Символично, что в числе осужденных оказались племянник Достоевского А. А. Достоевский и внучатый племянник Чернышевского Н. А. Пыпин. Жертвами стали не только осужденные, но и их близкие: жена филолога Энгельгардта, Н. Е. Гаршина-Энгельгардт (родственница писателя Всеволода Гаршина) выбросилась из окна после ареста мужа, жена историка В. М. Бутенко повесилась, отец филолога Н. В. Измайлова бросился в Неву, узнав о расстрельном приговоре сына (позже Измайлову заменили расстрел ссылкой). Драматически сложилась судьба близких академика Сергея Федоровича Платонова. Его дочери Надежда, Вера, Наталья, Мария и Нина получили историко-филологическое образование, сын Михаил был химиком. Надежда жила в эмиграции, а оставшиеся в России дети Платонова успешно занимались наукой. Мария и Нина были арестованы по «академическому делу» и после года заключения отправлены вместе с отцом в ссылку в Самару. Наталья Сергеевна поехала в ссылку к мужу, Н. В. Измайлову, и провела там пять лет. С. Ф. Платонов умер в Самаре в 1933 году, а его дочери Мария, Нина и Наталья через несколько лет вернулись в Ленинград. Все они умерли во время блокады, а их брат профессор химии Михаил Сергеевич Платонов был расстрелян в блокадном Ленинграде по ложному обвинению. Так погибла большая, дружная семья талантливых русских ученых. Академик М. К. Любавский умер в ссылке в 1936 году, Н. П. Лихачев вернулся в Ленинград в 1933 году лишенным права на работу и пенсию и мучительно умирал в полной нищете. Благополучнее других сложилась судьба Е. В. Тарле: в ссылке ему дали возможность заниматься научной работой, он вернулся в Ленинград в конце 1932 года и стал преподавать в ЛГУ. В этом «возвращении к жизни» известную роль сыграла его позиция на следствии (из ссылки он писал, что давал ложные показания под давлением) и ходатайства за него политических деятелей Франции, составленные по просьбе французских друзей Тарле. В 1938 году Е. В. Тарле был восстановлен в звании академика. Еще одним следствием «академического дела» было отлучение от науки талантливой молодежи, продолжавшей традиции российской академической школы. Один из осужденных, участник кружка молодых историков С. В. Сигрист писал о судьбах своих товарищей: «…ради сытого куска и жизни в Ленинграде далеко не каждый из нас шел на проституирование любимой науки. Большинство поставило крест над научной работой, не писало бесстыдных статей, жило скромно по ссылкам. Мы добывали хлеб уроками языков и случайными заработками. В этом заключался наш подвиг. Так текла жизнь большинства моих однодельцев… Мирно и скромно закончили они свое печальное житие».