6 июня утром пришло известие, что Макдональд атаковал австрийцев (генерала Отта) на Тидоне. Суворов тотчас же взял из авангарда казацкие полки, австрийских драгун и вместе с Багратионом повел их к месту боя. В три часа дня он был уже там я лихой кавалерийской атакой задержал натиск французов до подхода пехоты авангарда. Когда она показалась, Багратион подошел к Суворову и, видимо не уясняя себе важности минуты, вполголоса просил его повременить с атакой, пока не подойдут отсталые, ибо в ротах нет и 40 человек Суворов отвечал ему на ухо: «А у Макдональда нет и по 20, атакуй с Богом! Ура!» Багратион повиновался. Войска дружно ударили на неприятеля и отбросили его в большом беспорядке за Тидоне.
Макдональд собрал свою армию на Требию и 7 июня принял на левом ее берегу новую атаку Суворова, во время которой Багратион был ранен. Однако и вторая рана Багратиона в эту кампанию не вывела его из строя.
4 августа у Нови Суворов возложил на Багратиона решительный удар. Затем последовал легендарный поход суворовских войск через Швейцарию. Багратион шел то во главе их, первым принимая на себя все удары противника, первым преодолевая все преграды, которые ставила им дикая природа гор, то в арьергарде — сдерживая натиск французов, и когда наконец наши войска выбрались благополучно из той западни, в которую заманил их не только противник, но и союзник, в полку Багратиона оставалось всего лишь 16 офицеров и 300 нижних чинов. Сам он был в третий раз за эту войну ранен в сражении при Клентале.
По возвращении в Россию Багратион был назначен шефом лейб-егерского батальона, переформированного впоследствии в полк, и оставался им до своей смерти.
С началом первой войны нашей с Наполеоном, в 1805 г., Багратиону вверен был авангард армии Кутузова, но едва войска вступили в пределы Австрии, как, благодаря капитуляции союзной австрийской армии под Ульмом, 40-тысячный русский корпус очутился перед семью французскими корпусами, имея в тылу Дунай. Кутузов начал поспешное отступление к русским границам, и авангард Багратиона обратился в арьергард, который на протяжении 400 верст рядом упорных боев — при Ламбахе, Энее, Амштеттене и Кремсе — сдержал противника и дал нашей армии возможность выбраться из этой западни. Но едва она перешла у Кремса на левый берег Дуная, как Вена сдалась Наполеону, и последний, в свою очередь, перейдя Дунай, бросился к Цнайму наперерез пути отступления Кутузова от Кремса к Брюнну. На этот раз положение русской армии стало еще более критическим. И второй раз она была спасена Багратионом, которому Кутузов приказал во что бы то ни стало задержать французов, хотя бы для этого ему пришлось пожертвовать всем своим отрядом до последнего человека. Прощаясь с Багратионом, Кутузов перекрестил его, как обреченного на смерть; так смотрели на Багратиона и его отряд, и вся армия, зная, что от его стойкости зависит ее участь.