5 января 1961 года, испугавшись разоблачения, Голеневский, который находился в то время в командировке в Берлине, бежал в США. Предупрежденные об этом англичане из опасения, что Москва сообщит об этом побеге своим разведчикам, поспешили с арестом Лонсдейла и Крогеров, произведя его 7 января.
Когда Бена арестовали, он держался подчеркнуто невозмутимо. На процессе он отлично контролировал себя, не позволял себе расслабиться ни на минуту, следил за своими жестами, выражением лица, чувствовал, как за ним внимательно наблюдает зал. В заключительном заявлении на суде он взял на себя всю вину, пытаясь освободить от обвинения в шпионаже супругов Крогеров.
Бен был приговорен к 25 годам тюремного заключения. Во время ареста, следствия и судебного процесса он вел себя стойко и мужественно, не выдав противнику никаких секретов. За исключением двух источников, о которых стало известно британской контрразведке, резидентура Бена так и осталась не раскрытой.
В 1964 году английские власти согласились обменять советского разведчика на сотрудника британских спецслужб Гревилла Винна, арестованного в Москве. После возвращения на Родину Молодый работал в центральном аппарате внешней разведки.
За мужество и стойкость, проявленные при выполнении особых заданий, полковник Молодый был награжден орденами Красного Знамени и Трудового Красного Знамени, а также нагрудным знаком «Почетный сотрудник госбезопасности».
Работа разведчика-нелегала Молодого положена в основу художественного фильма «Мертвый сезон» Саввы Кулиша. Это он стал прототипом разведчика Ладейникова, сыгранного актером Донатасом Банионисом.
9 октября 1970 года Конон Трофимович Молодый скоропостижно скончался от инсульта. Было ему всего 48 лет. Похоронен разведчик-нелегал на Донском кладбище в Москве.
Имя Конона Молодого занесено на Мемориальную доску Службы внешней разведки Российской Федерации. В военное и мирное время полковник Молодый мужественно и честно служил своей Родине.