Бакатина критикуют за то, что, находясь в кабинете на Лубянке, он отмечал в органах государственной безопасности СССР только негативные стороны деятельности. В силу своих разрушительных предубеждений он не сумел подняться до осознания истинного назначения органов госбезопасности. О деятельности КГБ союзных республик он не имел объективной информации и общего представления. Бакатин обвинял КГБ в том, что для достижения своих целей он не останавливался перед проведением мероприятий «даже явно провокационного характера». Это заведомая и злая ложь, как и его заявления, что КГБ был «охранителем единомыслия» и идейных основ, стоял у истоков «создания интернациональных фронтов» в союзных республиках. Очевидно, что нападок и обобщений здесь больше, чем было интерфронтов.
Конечно же, многое определялось в кабинетах зданий ЦК на Старой площади. Но вместо усилий по укреплению системы государственной безопасности Бакатин, в надежде найти крамолу на КГБ, давал указание провести дополнительное расследование возможной причастности прежнего руководства КГБ СССР к покушению в мае 1981 года на Папу римского, выяснение обстоятельств смерти в 1946 году шведского гражданина Валленберга, затребовал из Белоруссии материалы пребывания в СССР гражданина США Освальда, обвиненного в убийстве президента США Кеннеди.
Представляется, что, получив напутствие Горбачева разрушить КГБ СССР, Бакатин ринулся с ходу в карьер, начав давать нелицеприятные оценки органам безопасности, сотрудникам разведки и контрразведки. Он высмеивал чекистов в пресечении «экономического саботажа», их хождение по магазинам «в поисках припрятанных консервных банок», мол, милиция этим лучше занималась. Но подобная задача вменялась органам КГБ высшей законодательной властью, а не желанием самих органов госбезопасности. Выходит, что милиция все-таки не дорабатывала и не справлялась со своими обязанностями.
Заявления Бакатина отличали его, к примеру, от Примакова, с которым они вышли из гнезда Горбачева — Совета безопасности и вместе пришли в новую для них сферу особой профессиональной деятельности. Евгений Максимович Примаков в качестве директора Службы внешней разведки (СВР) начинал не с разгромной критики существовавшей в стране системы разведки и контрразведки, не выискивал и не выбивал чекизм, не унижал сотрудников советской разведки обвинением в том, что до его прихода их служба государству была бездарной. Примаков сделал многое, чтобы снизить незаслуженно создаваемое отрицательное мнение в отношении советской разведки, чтобы в нее не летели камни. Вместе со своими заместителями, кадровыми советскими разведчиками, он стал заниматься приданием нового имиджа внешней разведке независимой России, поиском надлежащего ей места в условиях распада советской сверхдержавы, противостоянием наступающей глобальной агрессивной политике США. Они оба еще недавно летали в одном лайнере в крымский аэропорт «Бельбек», чтобы освободить Горбачева от «форосского заточения» и гарантировать ему личную безопасность. И Бакатин, и Примаков открыто признали антиконституционным актом введение чрезвычайного положения и приход к власти в стране ГКЧП, требовали убрать с улиц столицы бронетехнику и военные подразделения, чтобы не допустить кровопролития.