Очевидным результатом проводимых реформ оказались серьезные последствия, которые надлежало срочно исправлять. В частности, система защиты конституционного строя после ликвидации основных направлений работы управления «З» («Защита Конституции», бывшее 5-е управление) должным образом не функционировала. Отсутствовали, были потеряны или еще не сформированы самостоятельные службы по борьбе с террористическими проявлениями, утрачены оперативные позиции в этой среде. В стране бурно стали расцветать разного рода экстремистские организации и радикальные течения.
При Баранникове несколько увлеклись борьбой с организованной уголовной преступностью: здесь быстрее можно отрапортовать об успехе. Оставались безнадзорными с позиций спецслужб при лозунге «берите суверенитета, сколько хотите» проявления в сфере межнациональных отношений — национализм, шовинизм, сепаратизм, грозящие разрушительной опасностью устоям молодой российской государственности. Главным фактором развития сепаратизма в некоторых автономных образованиях являлось отсутствие четкой государственной политики по укреплению истинных федеральных отношений. Многие национальные регионы пытались преувеличить свои исключительные особенности развития, получить привилегии.
Создаваемая новая государственная машина, как и раньше, стремилась решить многие социальные и национальные противоречия силовыми методами. Была существенно увеличена численность внутренних войск, по образцу армии были созданы округа внутренних войск. В то же время органы государственной безопасности сокращались, теряли позиции, не были готовы к тушению возникающих межнациональных пожаров. Ельцин справедливо критиковал органы безопасности за то, что просмотрели ряд серьезных конфликтов в стране. С трудом удавалось сохранить квалифицированных специалистов в борьбе с терроризмом, национализмом, политическим экстремизмом, которые ранее были подвергнуты шельмованию и обвинению в проведении политического сыска. Многие сотрудники центрального аппарата находились в командировках на Северном Кавказе, где были заняты последствиями осетино-ингушского вооруженного конфликта, локализацией ситуации в Чечне и других регионах. В Чеченской республике был установлен режим, нацеленный на создание независимого государства. Запасы оружия в республике были огромные. Начались захваты военных складов, в том числе сепаратисты завладели резервом вооружения для войск Закавказского региона на особый (военный) период.
В условиях резкой конфронтации в обществе, борьбы левых, правых, появления на арене антагонистических политических партий и экстремистских объединений не владеть оперативной обстановкой равносильно сознательному ослаблению основ конституционного строя. К тому же и оперативно-розыскная работа на указанных направлениях не была законодательно регламентирована. В этой связи в министерстве была поставлена задача укрепить подразделения, прежде всего, призванные вскрывать и пресекать преступные террористические акты.