Органы госбезопасности нуждались в постоянном контроле, поэтому в беседе с Ельциным я и Степашин затронули данный вопрос. Мы стояли на твердых позициях усиления контроля и оказания большего содействия в решении сложных задач со стороны Президента, которому были подчинены все существующие в стране спецслужбы. Когда возникала какая-либо проблема, то на государственном уровне, кроме Ельцина, не с кем было посоветоваться, обменяться мнениями. Среди аппарата помощников Президента не было специалистов, уполномоченных вникать в многогранную деятельность спецслужб. Мы предложили Ельцину ввести должность специального помощника Президента РФ по вопросам национальной безопасности. Ссылались на существовавший зарубежный опыт координации деятельности разведывательных и силовых ведомств: в США — помощник президента по национальной безопасности, в ФРГ — государственный секретарь. На удивление, Ельцин сразу же согласился, бросив фразу: «Может быть, вы назовете мне достойную кандидатуру?» И такая фамилия нами была названа. С созданием ФСК совпало назначение Героя России Юрия Михайловича Батурина помощником Президента РФ по вопросам национальной безопасности.
5 января 1994 года Россия получила новую спецслужбу в стране: Президент утвердил Положение о Федеральной службе контрразведки России. Ельцин одобрительно отозвался об умелой разработке основополагающего документа в самые короткие сроки, которая явилась показателем высокого профессионализма сотрудников ФСК.
Квалифицированные кадры Федеральной службы контрразведки и имеющиеся оперативные наработки позволили сразу перейти к активной оперативно-розыскной деятельности. В начале 1994 года было проведено несколько арестов агентов иностранных спецслужб, что «всколыхнуло атмосферу вокруг конторы», вызвало тревогу спецслужб за рубежом и некоторых отечественных коррупционеров и предателей.
В январе 1994 года, во вторую неделю своего официального существования, ФСК провела операцию по аресту Синцова, руководителя дирекции внешнеэкономических связей «Спец-машиностроения», добыла вещественные доказательства его сотрудничества с английскими спецслужбами. Разведка Великобритании завербовала этого представителя отечественной оборонки во время служебной командировки в Лондон. Основой для привлечения к сотрудничеству российского гражданина явился собранный на него компромат: этот высокий по рангу чиновник при торговле оружием набрал взяток от зарубежных фирм на десятки миллионов рублей. Английская разведывательная служба (СИС) добыла от предателя секретные сведения о тактико-технических характеристиках новейшего вооружения, секретных переговорах по намечаемым поставкам российского оружия в отдельные страны. При обыске у него были изъяты дискеты с секретными сведениями, миниатюрная фотоаппаратура, компьютер со специальными программами для шифровки и дешифровки собранной информации, шифроблокнот для тайнописных агентурных сообщений.