Выполнение требований закона об амнистии встретило жесткое сопровождение со стороны президентских структур власти. Уголовное производство в отношении членов ГКЧП и арестованных после октябрьских событий 1993 года должностных лиц велось специальной группой Генпрокуратуры. В расследовании дела участвовало до 30 наших оперативных работников. Из ближайшего окружения Ельцина, Администрации Президента (Филатов) и даже Службы охраны (Коржаков) исходило недовольство думским решением, предпринимались попытки повлиять на руководство прокуратуры и силовых ведомств. Со ссылками на указания Президента они требовали любыми путями не выпускать из следственных изоляторов содержащихся под арестом узников событий августа 1991 и октября 1993 годов. От некоторых шли интеллигентные советы на время потерять ключи от тюремных камер, ибо Президент готовится снова разогнать прокоммунистическую Думу. Мой ответ был таков: «Следственный изолятор «Лефортово» не колхозный амбар, где можно потерять ключи. В него входят и выходят с печатью прокурора или суда, а не руководства спецслужбы». Я объяснил высокопоставленному чиновнику из Администрации Президента, что «Лефортово» передан из ФСК в подчинение другому правоохранительному органу, пусть туда и обращается. Последовала быстрая необычная реакция. Спустя несколько часов из Администрации поступил срочный пакет, в котором, к удивлению, я обнаружил президентское решение об обратном возврате «Лефортово» в подчинение ФСК. Но ведь это не соответствовало принятому Положению о ФСК! Службе контрразведки запрещалось проводить процессуальное расследование и, соответственно, иметь следственные изоляторы!
Такие манипуляции наглядно продемонстрировали то, как в политическую баталию пытаются втянуть ФСК, недавно созданную спецслужбу, которая имела иной правовой статус: у нее было отнято право на ведение следствия и владение следственными изоляторами. В этом же секретном пакете оказалась служебная записка, в которой принятый Государственной думой закон об амнистии трактовался как не имеющий юридической силы. Разъяснялось, что депутатский корпус вторгался в полномочия Президента и этот закон можно было не выполнять. Более того, к указанной записке прилагалась резолюция Ельцина: «Казаннику, Голушко, Ерину: руководствоваться данными разъяснениями». Генпрокурору и министрам давались странные, с точки зрения административно-правового понимания, обязательные к исполнению «разъяснения» по применению закона. В данном случае можно согласиться с консультантом ЦРУ Д. Саймсом, который подметил, что в России процесс принятия чиновниками решения — это нечто среднее между президентской республикой и императорским двором. И очень часто безответственные люди, не несущие личной ответственности, имеют не только доступ к Президенту, но и становятся его доверенными.