В 1920–1921 годах на Украине был широко развит политический бандитизм. Особую опасность представляли махновцы: бандитизму способствовали кулачество, господствующее в условиях безвластия и разрухи, частая смена властей, наличие оружия со времен войны, укрывательство от призывов в Красную армию. У большевиков не было поддержки со стороны большинства населения. Националистическая контрреволюция в союзе с империалистическими кругами финансировала антисоветские заговоры, в которых участвовали втянутые обманом, разоренные, политически незрелые трудовые массы. Бюллетень ЧК сообщал, что под Житомиром, в Радомышле, зверствовала банда Соколовского, на счету которой было свыше тысячи убитых стариков, женщин, что «на трупах детей — массовые уколы штыками, у женщин проколоты штыками груди».
К концу 1920 года численность банд Махно колебалась от 11 до 15 тысяч. Располагая фактором мобильности и поддержки со стороны части населения, Махно метался по украинским и российским губерниям, совершая налеты, грабежи, убийства, разрушая дороги, пуская под откос эшелоны. Только за 1920 год в десяти украинских губерниях (без Киевской и Одесской) бандиты убили 1070 работников продовольственных органов и членов рабочих отрядов.
Дзержинский принял решительные меры, чтобы в кратчайший срок ликвидировать очаги махновщины. В отношении махновцев, арестованных на Украине, он рекомендовал не расправляться с ними административно, а передать трибуналу.
Успехи украинских чекистов во многом были обусловлены личными, доверительными отношениями председателей ВЧК и ВУЧК. Об этом свидетельствует и тот факт, что Дзержинский после назначения его наркомом путей сообщения рекомендовал ЦК назначить Манцева на пост председателя ВЧК России.
Когда речь идет о взаимодействии чекистских органов двух братских республик, нужно иметь в виду, что помощь была не только со стороны ВЧК. Сотрудники ВУЧК часто приходили на помощь своим российским коллегам. Так, в январе 1923 года Дзержинский просил Манцева направить в Россию на несколько месяцев известного специалиста по борьбе с бандитизмом Ф. Мартынова для усиления борьбы с хищениями на железных дорогах.
И в годы нэпа, как и во время Гражданской войны, по-прежнему сложной оставалась работа с кадрами. Сотрудники органов госбезопасности, как правило, комплектовались из партийных рядов, людей, преданных коммунистическим идеям. В условиях Гражданской войны и военной интервенции они действовали решительно, в ряде случаев руководствовались революционным правосознанием, перехватывали инициативу у противника, который был опытнее, чем сотрудники новой спецслужбы. Хотя образовательный уровень личного состава, в том числе руководителей, был невысок, им были присущи четкая политическая линия, революционный пафос, чувство преданности социалистической революции.