В апреле 1994 года Попов с помпой отмечал первый выпуск своего университета («президентский выпуск»). Выпускники – бывшие военные – не стеснялись говорить о том, что деньги для финансирования университета нашел сам Ельцин (будто он нашел эти миллионы под лавкой). Милости Президента хватило даже на шелковые мантии для выпускников.
Не оставил своим вниманием Г. Попова и его преемник на посту мэра. Лужков по примеру Ельцина своим распоряжением зачерпнул из бюджета города 10 млн рублей на содержание Международного университета, да еще персональный двухсменный автомобиль своему бывшему шефу выделил («Правда», 09.07.93).
Помимо «Попов-фонда» и Международного университета, бывший мэр был вплетен и в другие истории подобного рода. Став президентом Международного союза экономистов («Куранты», 20.11.91), он по распоряжению своего вице-мэра от 28.05.92 получил для союза здание по Тверской ул., д. 22-а («Дума», № 26, 1993). Приобретя пост президента Международной академии книги и книжного искусства («Ъ», № 19, 1992), Попов поставил подпись под учредительными документами АО «Атамак». В письме прокурору города Г. Попов между тем сообщил, что сведениями о существовании такого АО не располагает.
Вдогонку уходящему мэру Моссовет попытался потребовать его отчета, но тут уж руки были коротки. Отставку-то принял Ельцин, и Попов уже не был должностным лицом, от которого можно было что-то требовать. Отставка была принята, и концы спрятаны в воду. Но если бы отчет все-таки состоялся (соответствующие условия, видимо, совпали бы с проведением судебного процесса о нанесении ущерба городу в особо крупных размерах), на поверхность выплыли бы все чудовищные нарушения законов, экономическая безграмотность и криминальные махинации. Для Ельцина подобное было недопустимой роскошью. Ведь Попов всегда выполнял роль его наиболее говорливой и «писучей» половины, а на президентских выборах на плакатах Ельцина красовались надписи: «Голосую за Попова – Лужкова!». Поэтому Ельцин переступил и через закон, и через собственные указы. На пост то ли мэра, то ли главы администрации он назначил Лужкова. Слов о мэре и его полномочиях в законодательстве страны не было, вот и творил президент все, что «не запрещено законом». А потом творил свою реальность – без закона и здравого смысла! – назначенный президентом полу-мэр, полу-глава Юрий Лужков.
Уступив свое место, Попов переполз в политическую тень. Но политика достала его и там. Прежде всего, возмутились его недавние соратники по «Демроссии». Координационный совет московской организации направил в его адрес открытое письмо, в котором говорится: