Многие свидетели описали столкновение между Нагими и дьяком как очевидцы. На княжом дворе Битяговский сначала попытался прикрикнуть на толпу, а затем принялся увещевать Нагова, «чтобы он, Михайла, унел шум и дурна которого не зделал».
Избитая в кровь и брошенная на площади Василиса Волохова видела, как царица указала на Битяговских и молвила «миру: то-де душегубцы царевича». Пьяный Михаил Нагой взялся было руководить расправой с дьяком, но на помощь Битяговским пришли их родственники и холопы. Посадские люди также не сразу поверили Нагим. Плотник Савва, каменщик Митя и мужик-белозерец кричали, что «царевич умер черною болезнью, а Михайло Нагой взводит на тех людей (Битяговских) за посмех, по недружбе». На помощь к дьяку прибежал посошный приказчик. Он просил посадских людей, чтобы «оне за посмех Михаила Битяговского с товарыщи не побивали». В пользу Битяговского говорил посадский богатей Баусов. Но люди Нагих тут же схватили его и поволокли в тюрьму. Приказчика с трудом отбили у толпы.
Однако настроение толпы становилось все более угрожающим, и Битяговским пришлось покинуть площадь. Вместе со своими сторонниками они заперлись в Дьячей брусяной избе. Это окончательно погубило их. Толпа выбила двери, выволокла укрывшихся там людей и растерзала их.
Даже служивший царице дворянин должен был признать перед комиссией, что приказных побила всякая чернь «с Михайлова веленья Нагова».
Дело не ограничилось убийствами. Чернь разгромила приказную избу — канцелярию государева дьяка: «у дьячьи избы сени и двери разломаны и вокна выбиты». Нападавшие завладели немалой суммой денег, хранившихся в коробьях (сундуках) у приказных.
Опасаясь за свою жизнь, служители приказа «с того страху разбежались розно и в город ходити не смели». Человек 20 посадских людей погнались за подьячими, но те укрылись в чаще и несколько дней «ходили по лесу, в город иттить не смели».
После разгрома приказной избы толпа бросилась на подворье Битяговского и растащила все его имущество: «На Михайлов двор Битяговского пошли все люди миром и Михайлов двор разграбили и питье из погреба в бочках выпив, и бочки кололи; да с Михайлова же двора взяли Михайловых лошадей девятеро».
Жену дьяка, «ободрав, нагу и простоволосу поволокли» с детишками ко дворцу. Туда же привели Осипа Волохова, найденного в доме Битяговских.
В разгар общего смятения в кремль явились два высших духовных лица — архимандрит Феодорит и игумен Савватий. В тот день оба служили обедню в одном монастыре. Заслышав набат, они послали слуг в город, и те, вернувшись, доложили, что «слышели от посадцких людей и от посошных, что будто се царевича Дмитрея убили, а тово не ведомо, хто ево убил». Вслед за слугами в монастырь прибежал кутейщик и именем царицы велел старцам ехать во дворец. По свидетельству игумена, он застал царицу в церкви Спаса возле сына: «ажно царевич лежит во Спасе зарезан и царица сказала: зарезали-де царевича Микита Качалов да Михайлов сын Битяговского Данило да Осип Волохов».