Распределение оружия точно соответствовало последней версии злодейского убийства.
Нагие заготовили подложные улики, чтобы сбить с толку следователей. Но обмануть комиссию им не удалось. Раков повинился перед Шуйским и поведал ему о ночной проделке Нагих. Михаил Нагой пытался запираться, но немедленно был изобличен. На очной ставке с Раковым слуга Нагова, резавший курицу в чулане, подтвердил показания приказчика. В отличие от Михаила Нагова его брат Григорий не стал лгать и признался, что достал «ногайский» нож у себя дома из-под замка и участвовал в изготовлении других «улик».
Допрос главных свидетелей привел к окончательному крушению версии о преднамеренном убийстве Дмитрия.
Царевич погиб при ярком полуденном солнце, на глазах у многих людей. Комиссия без труда установила имена непосредственных очевидцев происшествия. Перед Шуйским выступили, после боярыни-мамки, кормилица Арина Тучкова, постельница Марья Колобова и четверо «жильцов». По их свидетельству, царевич тешился игрой в тычку. Очевидцы кратко, но точно и живо описали то, что случилось на их глазах: «играл-де царевич в тычку ножиком с ними на заднем дворе и пришла на него болезнь — падучей недуг — и набросился на нож». Придавая исключительное значение показаниям ребят, следователи дважды сформулировали один и тот же вопрос. Сначала они спросили: «Хто в те поры за царевичем были?»
Мальчики ответили, что «были за царевичем в те поры только они — четыре человеки жильцов да кормилица да постельница». Выслушав ответ, комиссия спросила в лоб: Осип Волохов и Данило Битяговский «в те поры за царевичем были ли»? На этот вопрос «робятки» ответили отрицательно.
Может быть, мальчики солгали в глаза царице? Может быть, они сочинили историю о болезни царевича в угоду Шуйскому, не убоявшись гнева своей государыни? Такое предположение начисто опровергается показаниями взрослых свидетелей.
Трое видных служителей царицына двора — подключники Ларионов, Иванов и Гнидин — показали следующее: когда царица села обедать, они стояли «в верху за поставцом, ажно деи бежит в верх жилец Петрушка Колобов, а говорит: тешился деи царевич с нами на дворе в тычку ножом и пришла деи на него немочь падучая… да в ту пору, как ево било, покололся ножом, сам и оттого и умер».
Петрушка Колобов был старшим из мальчиков, игравших с царевичем. Перед Шуйским он держал ответ за всех своих товарищей. Колобов лишь повторил перед следственной комиссией то, что сказал дворовым служителям через несколько минут после гибели Дмитрия.
Показания Петрушки Колобова и его товарищей подтвердили взрослые, приглядывавшие за игравшими мальчиками.